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戰斗依然在進行，不過‘矩陣’很快就發現了，他在虛擬的世界中竟然無法擊敗尼奧，于是它不得不在現實中行動起來。大量的機械章魚開始尋找錫安的所在地，必須從現實中消滅尼奧這個救世主，不管墨菲說的是不是真的，他們都沒有選擇的權利。
同時雙反不可能再進一步的合作，‘矩陣’不會釋放人類，而人類也不會讓‘矩陣’繼續奴役，雙方在本質上就是對立的，這才有了墨菲的輕松挑撥，讓他們雙方開戰。脆弱的同盟就此瓦解，墨菲斯的手機響起，“墨菲斯，哨兵太多了，他們很久就會發現我們的家園，你必須帶著你的飛船回來參戰。”
這是錫安發來的命令，墨菲斯明白了，‘矩陣’在虛擬世界中無法消滅尼奧，只能在現實中動手，而現實中人類的力量不是‘矩陣’的對手。
“尼奧，馬上撤離！”墨菲斯只能大聲叫喊，尼奧聽到之后直接擺脫了攻擊者，隨后飛行起來，最后帶著墨菲斯離開。
墨菲不太滿意，大片兒結束了，而現實中的事情不是他可以管的，最少目前來說不是，他也沒有現在去找‘矩陣’的想法，就這么安心的在酒店中享受著人類的生活，雖然是假的，但是也算是復習一下。這么說也不對，這么奢華的生活他是沒有經歷過的，畢竟原來不過是一個網絡作家而已，這些距離他太過遙遠。
“嗯，賺錢確實很重要，看來回去以后要好好的努力了。”墨菲享受的同時整理著自己在這里得到的數據，建筑不算是一個大類別，到時候可以自己用用。剩下的一些太過落后，與變形金剛世界的沒有辦法相提并論，可是多少可以補充一點兒基礎部分，如此也算是有所得。
即便是休息也沒有忘記復習，這點墨菲覺得自己十分的優秀，至于外面的戰爭和他無關，就算是人腦袋打成狗腦袋都和他無關，只要尼奧進化就可以了，墨菲將其定義為進化。
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外面的戰爭確實進行的十分緊張，錫安的位置很快就會被發現，而他們正在集結所有的力量準備進行防御，只不過這種防御是徒勞的，他們自己很清楚這點，于是墨菲斯又開始大膽的策略，準備帶著自己的飛船沖擊‘矩陣’的主機。
他不知道這么做對不對，但是除此之外又能如何？但是錫安內部發生了分歧，他們要集中每一點的戰力進行守衛，為此激烈的爭吵了起來。
有些事情是注定的，也許是注定的，墨菲斯最終帶著尼奧以及自己的船員們出發了，只不過是沒有得到許可，是在一些人的幫助下偷偷溜走的。
尼奧是迷茫的，不過幾天的時間，原來所熟悉的一切都成為了虛假的，而現在他則是需要面對‘矩陣’主機的防御體系，如此做到底會發生什么他不得而知，但是他別無選擇。現在唯一的收獲也許是崔妮蒂的愛慕，這點他感覺到了，哪怕只是幾天的時間，他并不知道為什么會得到一位女士的愛慕，但是這是他現在唯一的收獲。