“另外，”張相公沉吟了許久，方下定了決心，壓低聲音對趙昊道：
“為父下月就禁毀天下書院，你正好可以籍此再不上門。包括筱菁，你也不許她再回娘家了，徹底與孤劃清界限……”
“岳父大人……”趙昊眼圈一下就紅了，他當然明白岳父大人是什么意思了。
“這樣或許還能多為你父子爭取幾年，不至于我一死就受牽連。”張居正用只有兩個人的聲音道：
“如果將來證明我的路是錯的，那就走你自己的路吧……”
說完張居正朝趙昊深深作揖道：
“拜托了。”
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那日過后不久，趙昊便離京南歸了。
既然岳父大人已經選擇了他的路，那趙昊也只能堅定不移的按照自己的路走下去了。
途中，他看到了明發在邸抄上的《罪己詔》，萬歷把自己的那點丑事原原本本講給天下人，并作了深刻的檢討。那罪己詔上的語句，著實委屈了皇帝，但他不這樣寫卻又無法過關，這次真是顏面掃地。
皇帝尚且如此，他身邊的近臣自然更無法過關，孫海、客用先被降為最低級的小火者，發往南京孝陵種菜。
但馮保感覺處分還是太輕，又請求將兩人充作凈軍。他又提出司禮監太監孫德秀、溫泰，兵仗局掌印周海，都有應得之罪，其他內監一概責令自陳，切實整頓，萬歷當然一一照準。結果讓馮保借此機會，把他身邊的親信全都剪除，讓皇帝徹底成了孤家寡人。
張相公也上疏做了檢討，但同時終于接受皇帝挽留，復出視事，面奏諫勸，以盡愚忠。
而且按照太后的指示，自今往后‘宮中府中，俱為一體，陟罰臧否，不宜異同。’‘臣等待罪輔弼，宮中之事，皆宜預聞。’
即是說，日后就連內廷的事情，也歸張相公管了……
緊接著，朝廷又下旨，命全國各地巡按御史、提學官切實查訪，將各省所有私建的書院，一律改為諸司衙門；書院所立糧田俱查歸里甲；各地師徒不得借此聚集會議，擾害地方。
一時間天下嘩然，讀書人群情激憤，紛紛上書痛斥當政者斷天下文脈、堵塞言路云云。各地官府也都按兵不動，準備先看看張相公的女婿會怎么辦。
被推上風口浪尖的趙昊也只能涼拌。接下來幾個月，他跑遍了江南集團旗下的各家書院，與師生懇切談話，向他們坦言現在遇到的困難，告訴他們現在全天下都在盯著我們，不能硬扛下去，必須要先關門了。并向全體師生保證，多大的困難都不會阻止科學之光照耀大明的！
除了唱高調之外，趙昊也給出了兩條路讓大家選。
一是十大書院都將暫時搬到海外去，愿意跟著走的師生，自己雙手歡迎，并保證為他們提供最好的教學和生活條件。
至于不愿意去的老師，可以在集團內安排轉崗。不愿去海外的學生，也可以先保留學籍，日后書院搬回國再繼續學業。
結果除了個別家里確實走不開的，絕大多數師生都選擇了去海外辦學上學。
這說明書院的教育還是很成功的。科學，已經是師生們生命中難以割舍的寶貴部分了。