將鄭妙謹與趙靈素的事解決后，朱翊镠便著手處理朱翊鈞就藩一事了。
如果按照藩王之國就藩的那一套原則處理，似乎也不難，還比較容易。
無非按照流程走嘛。
然而對朱翊鈞好像不適用，人家剛不久還是九五之尊的皇帝呢。
況且眼下的東番確實不是什么好地方，之前也沒有藩王就藩那里。
那之前的規矩與禮儀就不能按部就班地來，必須做出相應的改變。
……
東番，即臺灣，與中原大陸的淵源深厚而久遠，它是我泱泱大中華領土不可分割的一部分。
朱翊镠準備在朱翊鈞就藩之日將東番正式命名為臺灣。
（注：臺灣一名源于居于今臺南安平的平埔族原住民西拉雅族“臺窩灣”社的社名，意為濱海之地，并取全稱中的“臺”字作為簡稱。明朝萬歷年間官方正式啟用“臺灣”一詞。）
在遠古時代臺灣與大陸本是相連著的，約幾百萬年前由于地殼運動，部分陸地下沉海水進入，形成臺灣海峽，臺灣島才與大陸分離。
臺灣早期居民中大部分是從中國大陸直接或間接移居過去的。
據載，1971年和1974年兩次在臺南市左鎮區發現了臺灣迄今最早的人類化石“左鎮人”。左鎮人和北京周口店的山頂洞人有親緣關系，同屬中國舊石器時代的晚期智人，于3萬年以前從大陸經由福建長途跋涉移居臺灣，可以說是最早開發臺灣的先驅。
臺灣早期居民中還有少部分屬于尼格利陀地域人種的矮黑人和屬于琉球人種的瑯嶠人。
夏商時期臺灣屬于九州中的揚州。
臺灣有文字記載的歷史可追溯到公元230年。三國時期，吳王孫權派將軍衛溫、諸葛直率一支由一萬余名軍士、三十多艘船組成的船隊到達夷洲（也就是臺灣），是中國大陸居民利用先進的文化知識開發臺灣的開始。三國東吳丹陽太守沈瑩的《臨海水土志》詳細記載了當時臺灣的生產和生活形態，是世界上對臺灣最早的記述。
隋代大陸和臺灣的接觸增多。隋煬帝曾三次派朱寬、陳棱等人前往流求（今臺灣）。
九至十世紀的唐末宋初開始有漢人定居澎湖。宋元時期漢族人民在澎湖已有相當的數量。漢人開拓澎湖后開始向臺灣發展，帶去先進的生產技術。十二世紀中葉南宋將澎湖劃歸福建路晉江縣（今福建晉江）管轄，并派兵戍守。大陸和臺灣的聯系日漸頻繁。
元朝進一步加強對臺灣的管理。元世祖曾派員到臺灣宣撫，并在澎湖設澎湖巡檢司，隸屬福建泉州路同安縣（今福建廈門），雖然沒有直接將臺灣并入其內，卻是中國中央政府對臺灣地區的首次官署設置。
明朝初期仍設澎湖巡檢司，直至公元1387年因實施海禁而廢除，并把居民遷到漳州、泉州一帶。公元1563年考量沿海治安等因素后復設澎湖巡檢司。
明朝以后大陸與臺灣的人民往來不絕。永樂年間鄭和更是率船隊在臺灣停留。到了明朝末葉大陸居民開始大規模地移居臺灣，給臺灣社會經濟和文化的發展以極大推動。
等到福建人顏思齊（被譽為“開臺王”）、鄭芝龍遷居臺灣后，一面從事農耕、貿易，一面組織武裝力量抗御倭寇和荷蘭人，逐漸形成許多村落，臺灣自此進入了大規模地開發時期。