等到其余船只回復確定收到的訊息后，何芝貴狠狠地下令道：“開炮！”
兩三百門二十四斤以上短炮開火，聲勢遠勝團練軍火炮隊數十倍，就是遠在十幾里外的杭州城也被嚇住，整個城池在無比巨大的聲響中瑟瑟發抖。
火光中，一枚枚灼熱發紅的鐵彈從濃煙中鉆了出來，飛向耳朵幾乎被震聾的賊軍們。一路過去，任何物體，包括血肉，都會被擊得粉碎。不少賊軍看到身邊的同伴突然間頭碎了，剩下一具無頭尸身站在那里好一會都不倒；又或者中間軀干被打成一團血霧，只留下四肢和脖子頭在地上抽搐滾動著；又或者半邊肩膀和手瞬間就不見，他卻渾然不知，還站在那里對著你傻笑。
種種慘狀，比賊眾們能夠想象的地獄還要慘數倍。他們或者被嚇得失聲尖叫，或者是屎尿齊流。有的運氣好，下一輪炮擊他們就中了，不用在這人間煉獄中遭受折磨了。
后軍都是老弱病殘，他們的斗志和意念比起前軍那些狂熱分子差之千百倍，只是兩輪，反應過來的他們就哭爹喊娘地向前狂奔，只求離開這該死的地方。執法隊開始還想著阻攔一二，不想瞬間就被推倒在地，然后無數雙腳板從他們身上踩了過去，將他們與地上黑紅色的泥土混為一體。
上十萬的后軍炸了營，后果極其嚴重，他們形成了一股勢不可擋的洪流，橫掃著擋在他們前面的一切。已經集結好，正要上去增援前軍，并準備趁著官軍接連進攻，鋒芒已頓的大好時機發起反攻的中軍，被后軍從后面一沖，也亂了。
他們雖然經歷過戰事，都是青壯中堅，可畢竟沒有接受過正規嚴格的訓練。看到已軍從身后烏泱泱地沖了過來，就跟炸了窩的螞蟻一般，惶惶不可終日，里面甚至還有他們的親友，也不知該怎么辦。部分中軍下意識地也跟著跑了起來，一傳十，十傳百，不一會，中軍被后軍完全給沖潰了，不到半個時辰，二十多萬賊軍跑得漫山遍野都是。
何芝貴看到三輪火炮就把賊眾后軍打崩，便下令停止炮擊。這彈子藥子很貴的，可不能順便浪。他接著傳令，叫停在后面的其它海船靠岸，三千全副武裝的水兵結隊上岸，開始對賊軍發起夾擊。
宋輔臣也帶著六千守軍沖出了城，與團練軍、兩淮軍和兩浙水師水兵一起，追著賊軍窮追猛打。大部分賊軍沿著富春江蒙著頭往嚴州老巢狂奔，少部分賊軍比較機靈，脫離開大隊人馬，往于潛、余杭一帶逃去。
根據劉玄、何芝貴的聯合命令，水師船隊在富春江上游弋，嚴防賊軍過江。團練軍、兩淮軍沿富春江，追擊賊軍主力，杭州守軍直插余杭、于潛，防止賊軍向天目山區逃竄。并傳檄各州縣，諭曉地方鄉紳民勇，擒獲賊首可得銀若干，賊眾又可得銀若干。
不過兩日，檢得賊眾首級一萬九千顆，其中有神兵、紅巾圣兵、持燈兵有一萬四千余，還有不少估計是拼都拼不齊了，只好作罷。俘獲賊眾近二十萬。賊首巫多寶、巫寶佛以下三百余賊首被執，更有兩百余賊首被斬殺，以首級留檔。彭明燈等少數賊首逃遁入嚴州，僅以身免。
停了三日，等到城外賊蹤難覓，劉玄遣人向兩浙布政使李秀其稟告，求入城。第三日，李秀其遣署理轉運使衛仲凌、杭州通判署理知杭州事桂修文以及寧師道等人為代表，出迎劉玄、何芝貴、李純臣、寧世衡、胡伯恩、賈政等得勝之師。
而在諸暨縣城下，杭州大敗的消息傳來，賊軍頓時炸了窩，潘籍、樊春霆、李續斌、姜忠源領兵出擊，追殺了上百里，巫金剛等賊首數百人死于亂軍，田七寶少數人遁逃無影。