1629年（崇禎二年），崇禎皇帝下令為遭到迫害的東林黨人恢復名譽，并下詔修復東林書院。
東林黨人號稱“清流”，影響著天下的輿論。上述皇位繼承權之爭和京察之爭，都是統治階級內部的權力之爭。但是，這并不能掩沒東林黨人在這些斗爭中力圖革新朝政、反對統治集團中最反動腐朽勢力的進步作用。
由于東林黨人威脅到其他非東林黨人的利益，許多非東林黨的官員為自保也紛紛以地域為單位，以高官為領袖，結成幫派，一時朝中宣黨、浙黨、楚黨、齊黨林立，他們聯合起來打擊東林黨人。
斗爭由原來的閣部之爭和門戶之爭逐漸演變為黨派斗爭，規模進一步升級，性質更加嚴重，影響也更加惡劣，明代政爭急劇惡化，進入一個前所未有的新時代。
東林黨人代表了當時江浙商人和地主豪強的利益，反對朝廷向工商業者收稅，并借著崇禎帝清除魏忠賢勢力的時機，取消或降低了海外貿易稅、礦稅、鹽稅、茶葉稅等稅種的稅負，使得明末的財政收入來源更加單一，朝廷的稅收來源更加依賴于普通的農民，再加上當時各種天災不斷，造成了大量農民破產，形成大量流民，直接導致了明末的農民大起義。
劉志琴《我敬仰東林黨又痛其愚頑》：“東林黨這一批人是道德理想主義的殉道者，他們身體力行，鞠躬盡瘁，為晚明王朝的整體利益獻身亡命，蒙冤受屈。
然而他們又滯留在理想化的境界，在實踐中表現為無能又無奈，軟弱，退縮，麻木不仁，直至遭受滅頂之災。”
邱以寧《風雨如晦，雞鳴不已：從文化角度看晚明東林黨人》認為：“東林黨人在時局動蕩之際，能夠以道自任，致力于社會道德文化秩序和政治法律秩序的重建，知行合一”。
“其人格精神是永遠值得人們贊揚，欽佩的；但是在現實的經驗操作過程中，東林黨壁壘森嚴的門戶之見，以及……意氣用事，挑起了晚明劇烈的黨爭，既給自身帶來了毀滅性的打擊，也給國家、民族造成巨大的負面影響。”
葛荃《論政治思維定勢與東林黨人的困境》認為：東林黨人“‘黨見'太深，壁壘過嚴，以致樹敵過多”。
如果從文化心理的角度來分析其主觀原因，那么，應該說，這是他們在承傳先秦以來儒家文化的過程中積淀而成的“‘非此即彼'的認知模式”和“‘善惡兩分'的絕對化政治思維定勢”造成的。
但他們“代表了儒家文化傳統的正宗，在政治行為上，他們是清官和忠臣的典型”，是“士大夫的正面形象”。
他在《立命與忠誠：士人政治精神的典型分析》一書中又說：“東林人士是君主政治的殉道者，他們是中國古代士大夫群體中最有品性與性格的杰出之士，故而青史留名”，“鑄就民族的史詩總也離不開個體生命的壯烈，東林罹難諸公的‘曾經出席'，使得中華史詩的這一闋哀婉動人，蕩氣回腸，縈繞千古！”
其實吧，也就是說，東林黨人雖然提出了正確的理念，但是卻沒有做到，同時在保護自己的利益的時候破壞了國家的利益。
這也就是東林黨毀譽參半的原因，這也是為什么有人認為是東林黨要對大明滅亡負責。