沒想到無論米哈伊爾提出什么條件，莫斯科使團一概應允。
軟磨硬泡之下，米哈伊爾無奈，只好被人架上沙皇位子，這時候他即將十七歲。
米哈伊爾的擔心不是多余的：雖然在名義上混亂時代結束了，但是俄羅斯境內強敵四伏，實際上能夠有效實行統治的只有莫斯科周圍的一些地區。
在北方，瑞典占領了以諾夫哥羅德為首的七座城市，波蘭占領著斯摩棱斯克和第聶伯河流域的大片土地，波蘭國王西格蒙德三世仍舊虎視眈眈，認為俄羅斯沙皇的位子是屬于他兒子弗拉迪斯拉夫的。
南方的克里木汗國韃靼騎兵多年來第一次進入俄羅斯腹地，恢復了兩個世紀以前中斷的掠奪行動。
除了外敵的入侵，俄羅斯內患不斷，多年動蕩導致國庫里分文皆無，吏治松散，貪污**現象如家常便飯，全國遍地饑殍，就連首都的居民也是面有菜色。
各地盜賊蜂擁而起，各地流竄的小股匪幫多如過江之鯽，此外以扎魯茨基為首的烏克蘭哥薩克人又擁戴瑪麗娜·姆尼舍克和偽季米特里二世所生的兒子為沙皇，伺機要奪取俄羅斯沙皇寶座。
米哈伊爾既沒有經驗，也沒有能力治理國家。他本人性格軟弱，沒有獨立人格，對母親和身邊近臣的話言聽計從，根本不具備一個統治者所應有的意志力。
這樣盡管米哈伊爾名義上是沙皇，但實際上大權被掌握在朝中的大貴族們的手中。
1614年，扎魯茨基和瑪麗娜·姆尼舍克被沙皇的軍隊抓獲。為了斷絕后患，大貴族們通過沙皇下令，將瑪琳娜四歲的兒子吊死在謝爾普霍夫要塞大門上，扎魯茨基被砍頭，瑪麗娜·姆尼舍克被投入監獄。后來她死于獄中。
當時人們對瑪麗娜·姆尼舍克的普遍印象就是，她信仰邪教，是一個令人生畏的女巫。
在她死后，有人詛咒羅曼諾夫家族，說米哈伊爾下令殺死年幼的兒童必將得到報應。
不想這個詛咒竟一語成讖，三百年后，少年的末代皇子阿列克謝和沙皇尼古拉二世一家遭到槍殺。
米哈伊爾登基后，朝中大貴族們不遺余力地開始平定俄羅斯內亂，對外則試圖通過談判歸還被外敵占領的國土。
俄羅斯先是同瑞典進行了長期談判，兩國終于在1617年簽訂合約，瑞典將諾夫哥羅德、普斯科夫等五座城市歸還給了俄羅斯。
但是作為交換，俄羅斯被迫將環繞芬蘭灣的亞姆、伊萬城等五座城市割讓給瑞典，實際上是切斷了俄羅斯通向波羅的海的通道。為形勢所迫，俄羅斯不得已簽訂了這個條約，失去了在波羅的海的出海口。
俄羅斯同波蘭的關系更為復雜，不可能采取對待瑞典那樣，通過談判解決問題。
根本原因在于波蘭不承認米哈伊爾是俄羅斯的沙皇，堅持應該讓波蘭王子弗拉迪斯拉夫做沙皇。
俄羅斯試圖勸說南方的克里木汗國和土耳其援助俄羅斯，共同進攻波蘭，但是這一計劃沒能夠得以實現。米哈伊爾曾發兵斯摩棱斯克，軍事行動也以失敗告終。
1617年，西格蒙德三世派弗拉迪斯拉夫領兵，前來攻打莫斯科，想要以武力奪取俄羅斯沙皇寶座。
1618年9月份，弗拉迪斯拉夫開始進攻莫斯科城，但被守城軍隊擊退。在此后的戰斗中，波蘭軍隊受到重創，被迫放棄軍事行動，轉而和俄羅斯開始談判。
最后兩國簽訂了為期十四年的合約，俄羅斯割讓給波蘭大片領土，但波蘭同時承認米哈伊爾是俄羅斯沙皇。