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永歷元年三月，清兵已攻陷平樂，瞿式耜估計敵人必然要爭奪桂林，一面調度糧草，一面把駐在黃沙鎮的焦璉部隊調回桂林，為鼓舞士氣瞿式耜甚至把自己俸銀也湊上去犒賞將士。第二天上午清兵突然襲擊桂林，攻入文昌門，瞿式耜沉著指揮，依靠焦璉、白貴等部隊奮勇廝殺，清兵全面潰退。
永歷二年二月，聯明抗清的原大順軍將領郝永忠（即郝搖旗），在靈川戰役中受挫后退到桂林，受到當地駐軍的歧視，發生兵變，郝永忠縱兵大肆掠奪，殺太常卿黃太元，當時瞿式耜不在桂林，瞿式耜的家也被搶掠，家人拿出何騰蛟的令箭，才混出城去。
三月初瞿式耜回城后，料理善后事宜，首先安定人心，加強戰備，督師何騰蛟也帶兵來保衛桂林，再敗清兵。
永歷三年，何騰蛟殉國后，瞿式耜兼任督師，陸續收復靖州、沅州、武岡等府縣。無奈南明朝中上下爭權奪利，猜忌傾軋，能征善戰的廣西本地部隊又長期戰斗，得不到休整，大大削弱了戰斗力。
永歷四年正月，南雄被清兵攻破，不久全州再度陷落，嚴關失守，前線潰退下來的官軍竟然沿途擄掠，秩序大亂，駐城將領也不戰而逃。
瞿式耜氣憤到極點，捶胸頓足說：“國家把高官厚祿養這些人，現在竟這般行徑，可恥！可恥！”。
形勢越來越壞，十月初，清軍兵臨城下時，桂林軍民已經四散而逃，就連瞿府男女仆從也走散了，他的侍從武官備馬請他出城暫避，勸他說：“大人是國家棟梁，一身關系國家安危，突圍出去后，還可號召四方愛國志士，再干大事。二公子歷經千難萬苦，正從常熟趕來看望大人，只需暫避一下，父子就能見面了。”
瞿式耜擺擺手說：“我是桂林留守，我沒有守好這個地方，對不起國家，還顧什么子女！”隨后整整衣冠，端坐在衙門里。
……
翰林院學士、廣西總督張同敞，是瞿式耜的學生，見局勢已無法挽回，從靈川隨潰兵逃回桂林，聽說城里人已走空，只有瞿式耜沒走。張同敞平時十分敬重瞿式耜，立即只身泅水過江，趕到留守衙門見瞿式耜說：“恩師，形勢這么危急，你怎么辦？”
瞿式耜說：“我是留守，有責任守好這地方，城存與存，城亡與亡。今天，為國家而死，死得光明磊落，你不是留守，為什么不走？”
張同敞聽后說：“恩師，以前戰敗，只要我不跑，總有部隊跟隨我，以圖再起；而這次竟全部跑光，再無一兵一卒敢于再戰，可見人心已然散盡了，我不死還能做什么呢？要死，就一起死！恩師，你難道不允許我和你一起殉難嗎？”
說完就在旁邊椅子上坐下來，和瞿式耜一起飲酒。
東方漸漸發白，清兵沖進衙門，要捆綁他們，瞿式耜說：“我們不怕死，坐等一夜了，用不著捆綁。”遂和張同敞昂首闊步走出衙門。
孔有德一心想收降瞿式耜，關押至今，屢遭嚴詞拒絕，終于失去了耐心。
……
“別山，這是我寫的絕命詞，明天你托那位余將軍想法帶出去罷，日后若是傳至皇上耳中，也算是老夫以明厥志了。”
瞿式耜把一張書稿隔窗遞給張同敞，目光深邃的道。
張同敞接過書稿，朗聲讀到：
“從容待死與城亡，千古忠臣自主張；三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香！”
“恩師大義！”張同敞凜然道。
“別山，你是快槍手，也吟一首吧？這是你我最后唯一能夠留給這個國家的了。”