當韃子撤出昌平城后不久，朱慈烺便下令讓特種大隊拿下了東門。由于巢丕昌的大部人馬都分散到南門和北門去防御和在城中與勇衛營廝殺，防守東門的叛軍人數并不是很多。特種大隊沒有花太大的代價便攻占了東門。
當東門落入明軍手中后，在總兵府的巢丕昌整個人就像是掉進了冰窟窿一樣，全身冰寒無比。
“完了，全完了！”巢丕昌滿臉頹然，內心一片哀意。
這時，他的副將沖進總兵府道：“軍門，東門已經被敵軍拿下了。我們快想辦法逃吧！”
“晚了，一切都晚了！現在我們還能往何處逃？昌平城已經被敵軍團團圍住，倆處城門被破，城中的敵軍已經漸漸逼近總兵府衙門，我們逃不了了！”
“軍門，我們還有幾千兄弟，讓末將帶著這幾千兄弟一起護您沖出去！”副將急切道。
就在這個時候，一個雪上加霜的消息又傳了來。
“稟報軍門，南門失守，鎮守南門的士卒死傷過半。不少人投降了敵軍！”
頓時，巢丕昌癱坐在地。一行清淚，止不住地往下掉。
“我巢丕昌糊涂啊！”南門的守軍之所以在這個時候被拿下，最大的功勞在于太子朱慈烺。朱慈烺帶著錦衣衛和東廠的人，還有不少勇衛營將士，一起到南門對把守在南門的叛軍將士開展勸降工作。
一開始，勸降工作進展的很不順利，朱慈烺差點就被叛軍的一名千總給射中了。這一幕，可把護衛在他身邊的廠衛和勇衛營將士嚇壞了。
下一秒，那位執迷不悟的千總，叛軍武官，被一炮給轟碎了。對，就是一炮轟碎的。勇衛營雖然不是神機營，但作為京營當中目前最精銳的一營，火器一直都有配置。
一炮把千總轟碎后，朱慈烺再繼續開展勸降工作，這下，沒了主將的叛軍將士，沒有做太多的猶豫，直接選擇了放下兵器，乖乖投降。
南門就這樣，在朱慈烺的英明神武下，沒用多長時間便拿下了。而北門的叛軍就慘了，來攻打此處城門的人是特種大隊的人。特種大隊這次算是成立后的首戰，自然每人都想斬獲軍功。尤其是在黃得功的偵察隊立下首功后，汪萬年等人早就迫不及待地想在太子殿下面前展示展示他們的風采了。
火器隊的領隊就是原神機營副將汪萬年。火器隊的人雖然不多，但朱慈烺給他們配備了足足有六門佛郎機大炮，人手一支火銃。一到北門，汪萬年便立即下令讓火器隊的人擺好大炮，對準了南門的城門樓子，二話不說，直接來了一發急速射。
南門城樓上的叛軍當場就被轟蒙了，一時間，特種大隊的其余分隊也開始發威。弓弩隊，擺好陣型，用弓弩不斷地壓制城樓上的叛軍。長槍隊和大刀隊在楊守業和張世澤的率領下，宛如猛虎一般，沖上城樓，開始了慘無人道的殺戮。
當然，幾名將領還是沒有忘了事前太子殿下的吩咐，若是有人選擇投降的，便可以不取其性命。但這件事直到他們將城樓上的人殺得還剩不到數十人后才想起，所以，最后被迫投降的叛軍，除了缺胳膊少腿的，只有六七十人還比較健全，呼吸也正常。