訪歐使團派回國的船共有八艘，卻只返回五艘。這些大帆船是萬歷十二年十月初從里斯本出發，十三年九月初時方返回廣州這也是這個時代帆船的平均速度。
大西洋給了徐光啟面子，但對于返回大明的船隊，卻露出其殘忍兇暴的一面。盡管使團雇傭的船都是當世頂尖的蓋倫式大帆船，足有一千八百料，但它們中的三艘在咆哮的風暴下如同孩童折疊的紙船，被擊成了碎片。注1
返程的使團擦干眼淚，唱著挽歌繼續返航。所幸的是分別裝載美利奴羊等動植物的大船雖然沉沒了一艘，但船隊仍有四份備份這也算是先見之明。
船隊返航后，整個廣州為之轟動，市民到碼頭爭睹西洋景。消息傳到南京時，被南京日報頭版頭條報道十天后，京師的日報也轉載了這篇報道，這又導致整個大明的轟動。
隨船而歸的，除了使團眾人的信件和捎回來的物品；更有想要來東方掙大錢的歐洲建筑師、制造工匠、技工等技術人才，還有大量的文獻資料。短短一個月時間，歐洲使團只能將最重要的公開資料弄回來一批，而且也沒有時間復制，因此沉沒的三艘船上的文獻只能獻祭給大海了。
在沉沒的三艘船上還有幾十個使團成員和護衛這些人的家庭朝廷肯定要厚加撫恤，給予相應的榮譽也屬應有之意。
盡管損失很大，但五艘六百噸大船帶回來的財富也極其驚人。
最值錢的當屬美利奴羊及伺候他們的羊倌兒。按照后世人類學的理論，古代美洲大陸不可能發展出比歐亞大陸更高級的文明的最重要的原因就是沒有牛、馬等畜力而原時空這種西班牙細毛綿羊伴隨著殖民者在世界的擴散，對政治勢力想消漲乃至人類文明走向所起到的作用是令人瞠目結舌的。
如果古代中國就有這種細毛綿羊，并發展出與之匹配的紡織業，那整個歐亞文明史都要改寫無法生產長期保存的商品用來與農耕文明交易，游牧民族就只能用武力掠奪，這是生存需要，非以人的意志為轉移，也不是所謂“教化”能解決的經濟基礎問題。
本時空，這些細毛羊種的引進，比歷史上早了四百年。后世一直到1985年，中國才在在引入澳美羊的基礎上，培育成第一個毛用細毛羊品種，此時的游牧民族已經能歌善舞三百年，其代價就是滿清對其實施“減丁政策”的殘酷殺戮到全國解放時，蒙古族人竟然不足百萬。
因此，這些美利奴羊與大明國運息息相關，是使團最重要的訪問成果。這四十只長途跋涉，瘦成皮包骨的小家伙們，將成為朱翊鈞整個北方戰略的重要支撐。
除了這些羊，歐羅巴人對機械制造的研究與此際的大明各擅勝場。例如隨船運回來的磨面滾壓機，其中的齒輪、搖桿和細篩可以將麥子磨成面粉，并進行四次分離比如今大明的雙扇石磨加人工篩粉的效率高出太多，而這東西在歐羅巴已經發明了38年，并被大規模推廣使用，使團沒費吹灰之力就弄回來兩臺，還帶回來相應的制造技工。
另外，在基礎科學領域，使團還運回來大量文獻。僅幾何原本一書，不管它是希臘人還是埃及人寫成，只要拿回大明翻譯出來，這趟出使就值回票價，其他都是附帶。
同時，跟著運回來的還另有邏輯、形而上學、倫理學、美學和政治學等等文獻，包括亞里士多德、柏拉圖、色諾芬、德謨克利特等人的諸多著作他山之石，足以攻玉。注2