萬歷元年的一月二十六，皇帝在南海子校場大閱京營。因京營隊列散漫，制軍禮不肅。皇帝震怒之下，京營掌營加上曾巡視京營的給事中被一體斬首，震動天下。
因廷鞫時間較長，本來安排的薊鎮和京營火器、車營作戰演示未閱而罷。朱翊鈞殺人立威后，大駕返城。陪同眾臣在回去的路上，基本都想明白了此次大閱為什么沒有外藩使者一起觀閱。
朱翊鈞回宮后，將大閱情形細細的跟李太后講了一遍。李太后聽了，心中怦怦亂跳。
朱翊鈞今日之措置，已經遠超她治政能力的極限，她也分析不出來對還是不對。最后只能道：“皇帝既然和張先生早有籌劃，卻做的甚好。此后辦事還是要多和張老先生商量。”朱翊鈞答應了。
此事之后，李太后一般不在朝政問題上發言，只有朱翊鈞追問時，才說說自己的看法，語氣都怯生生的。朱翊鈞判斷，帝位已穩，或可稍微破點小格。
返宮第二天，朱翊鈞即傳旨兵部和順天府，配合南海子駐扎的戚繼光點選京營之兵，凡戚繼光挑中的，留下。未挑中的，一律發路費遣返各衛所。
經戚繼光帶領薊鎮軍官點選，六萬六千京營兵，僅八千符合要求，其余五萬六千兵盡數讓兵部和順天府安置。
順天府尹施篤臣磨不過戚繼光，無奈上奏疏道：“臣承旨供給京營，配合戚繼光點選兵士，并不畏難。然京營之兵來自京畿、北直隸等各處衛所，遠的也有遼東等處。臣查兵部選簿，人名不符者十之五六，多為不事生產者。若不分良莠，盡數返衛......臣恐各衛所依前占護，有生亂召危之憂。”等等。
張居正接了奏疏，也是頭大。京營這些年從各處衛所抽兵，根本敵不過各衛都司和千戶或明或暗的抵制，再加上自身有意吃空餉——選簿和人對不上的情況竟占了一半，都是從京畿附近自己召的兵，為了校閱或者裝樣子。
這些人若按選簿所記，打發到衛所，衛所根本不會接，因為在選薄上的兵都在給千戶家種地呢，根本沒離開。這些僅僅頂著名字的閑漢去了，哪個理他？時間一長，必生變亂。
若不打發去衛所，這三萬多閑漢放到京畿地面，去年的嚴打成果立即化為烏有。張居正跟呂調陽商量半天，想出兩個辦法：一是出一筆耕牛種子錢，把他們連家帶口打發到邊鎮墾荒；二是直接分到工部或內府，讓他們修建道路或者務工。
兩件事都要請旨，張居正就奏請朱翊鈞圣裁。朱翊鈞覽奏后，批到：“如議辦理，若仍有安排不了的，都到京畿皇莊和皇廠安置。”
朱翊鈞說是有安排不了的他再接，但特權哪能不用？同時囑咐了司禮監和張鯨等人，先去南海子挑人。有那能種地的，選到皇莊開荒種地；不會莊稼把式的，挑身強力壯的到張鯨處務工。張鯨掌管的“大明內府工商集團”，過了年就開始擴大生產，不但消化了不少內廷閑人，還挺缺人手呢。
張居正見朱翊鈞拿出皇莊的地安置京營兵，對呂調陽嘆道：“皇上真英明之主也！”呂調陽想起前幾代皇帝的做派，對比朱翊鈞一年來的勵精圖治，也覺得這一屆的皇帝還行。
結果等皇莊和張鯨選完了人，三萬多人剩下的居然不到一半，這事就好辦多了。而張居正對皇廠吸納人口的能力大吃一驚，對朱翊鈞開辦皇廠的抵觸之心又低了低。
......
待戚繼光在南海子操練了幾日，朱翊鈞叫了他再次覲見。同時把張居正和譚綸、英國公、司禮監張宏、御馬監張鯨等人喊到武英殿，一起研究京營復建之事。
張居正的意思是仍將京營置于五軍都督府之下，要從邊將和外地衛所中武職選擇可用的，并令兵部廣詢博訪，不拘資格，但有才勇可取者、疏名具奏。然后以此為骨干，再建京營。