正如海瑞所料，萬歷三年三月二十六日，華亭和松江府同時報民變。兩處加起來近一萬三千多饑民被別有用心之人引導，華亭縣饑民先沖擊常平倉，后沖擊徐府搶糧；府城的沖擊府庫、府衙。
因府、縣和兵備道早就有所準備，王以修、楊瑞云、蔡國熙等立即出手，民變剛起，即被撲滅。兩處損失都不大，唯有徐府的大門被沖破，損失不小。后來官兵趕到，將領頭的饑民全數逮捕，彈壓住了。
民變主力即為江南大族以朝廷重申蓄奴令為由所開革的大量奴仆，夾雜著些失去生計且不愿離鄉的佃戶。因此此次民變準確來說，是奴變。——史稱“松江奴變。”朱翊鈞掌權以來，此次民變為江南地區規模最大的一次。
還如海瑞所料，民變剛報到京師，加急諭旨就下來，真的任命海瑞為“巡撫江南督察松江民變專案”欽差大臣，并授王命旗牌，行轅設在南京，圣旨命他大張旗鼓，調查松江奴變內情。
圣旨內容傳了出去，江南各地見皇帝毫無認錯之意，這心思竟都蠢動起來。此時，不知從哪里傳出來，說徐家、董家、莊家等一些大家，因皇帝讓他們退田，故意鼓動民變脅迫朝廷——所以皇帝派海青天徹查。
不消半個月，這消息傳得到處都是，眾人一聽還有這般內情，這往造反上靠的事兒卻誰也不敢干，這南方同情徐家，斥罵朝廷的言論竟因此謠言傳播，導致溫度低了低。
海瑞四月初八就接到諭旨，心道果然，仿佛吞了個蒼蠅似的。然而他畢竟不是以私心害國事的人，只好打疊精神，發揮出他辦案特長，開始窮究根治。
此次民變的兩大黑手，海瑞心中明鏡般，一方是以徐家為首的江南豪族；一方是遠在京師，身居大內的朱翊鈞，這查案的方向一點兒跑偏不了。
海瑞倒是有心查一查錦衣衛和鎮守太監府在民變中起了些什么作用，但是這些人個個滑不留手，欽差大人問話時，先把董家、莊家、徐家等大族中人在民變前互相串聯的情況兜了個底掉。
但海瑞問他們為何不及時報給應天巡撫或松江府時，口徑一致的回答是，對這些大族和官員動向監視都是常規工作，但誰能想到這些人狼子野心，居然攛掇民變以脅迫朝廷？這誰能想到？
海瑞心說皇帝給我喂蒼蠅，你們這是給我喂屎啊！但他絕不是不通權變之人，本身對這些盤根錯節的江南豪族半點好感都欠奉。對皇帝這只大黑手他沒有任何切實的證據，只好捏著鼻子認了賬。
到了四月底，海瑞已將整個民變案厘清，形成專報加急送京師。
奏章中除了奏報案情，海瑞還提醒朝廷：江南此時輿論鼎沸——對徐閣老家遭受奴變沖擊，老翁攜家眷狼狽逃竄，險些陷于賊手的慘狀報以極大同情。
海瑞奏報，整個江南對朝廷重申蓄奴令、打擊豪族做法的批評之聲，已經沸反盈天。若朝廷不能善加妥處，還會有民變發生！
張居正覽奏后，見海瑞已經將徐階兩子在民變前與董家、莊家等豪族互相串聯之事做成了鐵案，心中大驚，平生第一次產生了對海瑞操守的懷疑。