然而，朱翊鈞和張鯨，都不是后世的工商管理專才。朱翊鈞因在稅務局工作，對公司法、合同法等商法了解的能多一些，但上手管理之后，也常有力不從心之感。
張鯨作為朱翊鈞親傳，管理思維上不免帶著大量的“封建殘余”，管人、管事，建章立制不足的部分都用“權力”充當抓手。
在集團發展壯大期間，這種管理模式沒有太大問題。但隨著攤子鋪的越來越大，張鯨也發現國企病日漸凸顯，運轉澀滯，即便殫精竭慮，也難以應付。
于是，在萬歷四年三月，朱翊鈞再次召開內府工商集團管理層會議，擬對集團實施正規化改造，助推其進一步發展。
會上，張鯨率領各大工廠管事、采購、銷售負責人，先向朱翊鈞做了一個總結：
此際內府工商集團在全國各地共下設鋼鐵廠四家、玻璃廠六家、肥皂廠四家、絲造廠十家、座鐘廠兩家、工藝廠三家共計二十九家大廠，每家工人都在千人以上；此外還有生產各類奢侈品的小廠子一百三十來家，工人在十幾個到數百不等。
萬歷三年，這些廠子共生產鋼材兩億六千萬斤，為隆慶六年全國鐵料生產量的兩倍半；生產玻璃料一億四千五百萬斤；生產肥皂八百五十萬斤。僅這三項給朱翊鈞提供的利潤，即達到了每年二百八十萬兩。
除了鋼鐵、玻璃直接批發以外，肥皂等“奢侈品”都由內府工商集團自行發售，因此銷售環節的利潤更高，年利潤在萬歷三年已經接近三百萬兩。
加上其他絲造和奢侈品、工藝品等工廠生產銷售產生的利潤，朱翊鈞應該是有了皇帝這個職業以來，最富有的皇帝——每年自由支配的資金即達到七百五十萬兩。
由于朱翊鈞對現在各環節的生產效率不滿意，因此這些資金至少三分之一又投入了技術升級和研發試驗之中。三年內，內府工商集團已經表彰工匠一千六百余人次，在全國招攬無意科舉且喜歡奇技淫巧的科研人才一百五十多人。對于技術開發，朱翊鈞一方面參與指導，一方面不計成本的投入。
但是，粗放式的管理弊端已經暴露的越來越多：一方面是朱翊鈞的問題，他在日常生活中，被某事觸發一個想頭，立即安排張鯨找人進行生產組織，例如他有一天突然想起前世看穿越小說，可以從海帶和海腸子中提取谷氨酸鈉——就寫個小紙條傳給張鯨，張鯨就成立一個小加工廠研發生產。
另一方面，是集團管理內部缺乏體制機制和規章制度，張鯨作為朱翊鈞授權的“董事長”，眉毛胡子一把抓，盡管提拔了好些人，但是各級職權邊界混亂——朱翊鈞關注的事兒，一擁而上去攬功；朱翊鈞長時間不過問的，就棄如敝履，成了集團內部斗爭的發配地。
第三方面，**多發。張鯨深知自己被朱翊鈞重點關注，因此謹小慎微，不太敢伸手。而且朱翊鈞給他每年開六萬兩銀子的年薪，張鯨在物質上已經很難產生新的需求。
但是集團采購、銷售的兩個環節，盡管朱翊鈞嚴刑峻法，但抓不勝抓，貪瀆者前赴后繼。尤其是大廠，財務管理制度不健全，物資管理混亂，以之為生的外圍商民，賄賂各級管事，大挖皇帝產業的墻角。
萬歷三年，朱翊鈞派人到鋼廠查賬，僅焦炭采買和庫房管事這兩塊，就查出來三十多人，貪瀆總數近七萬兩——朱翊鈞估計，全產業鏈的跑冒滴漏，每年當在百萬以上。
于是，趁著這國企病還沒到病入膏肓的程度，對其進行改組實施正規化管理，勢在必行。