武學推薦，兵部上報的第二名人選為馬芳。這位老兄比劉顯大一歲，今年六十一，籍貫山西蔚州，其家為宣化邊境農戶。馬芳幼時遭繼母虐待，他不堪羞辱，大約在嘉靖五年時逃離家鄉，被南侵的韃靼騎兵擄掠，替俺答汗放馬。
馬芳自幼開始“曲木為弓”，精練騎射武藝，每發皆中。一次隨阿勒坦汗狩獵，遇猛虎直撲阿勒坦，眾人登時驚慌逃避時，馬芳非常冷靜，彎弓搭箭擊斃猛虎。阿勒坦對馬芳贊賞不已，贈予他“良弓矢，善馬”，還命他“侍左右”。
馬芳雖然受到阿勒坦的重用，但是他心在明朝，嘉靖十六年，馬芳乘跟隨阿勒坦至臨近明朝邊鎮的大同外圍狩獵之機，趁夜盜馬逃出，連夜投奔至大同軍營。此后就開始了他開掛一般的人生：
因他在蒙古生活多年，熟知蒙古騎兵的作戰特點，所以每戰皆能重創來敵。他先從隊長干起，逐漸積累功勞，干到了把總。
嘉靖二十八年，他獻計并率精騎抄襲蒙古騎兵后路，迫使蒙古大軍北撤，立下人生第一件大功；隨后在嘉靖二十九年“庚戌之變”中，身先士卒，疊出奇績。從八月到十月，連續三場戰役，把阿勒坦打的沒脾氣，世宗當時稱贊說：“勇無過馬芳。”
馬芳因功升任宣府游擊將軍后，廉潔公正，重立“軍戰連坐法”，規定臨戰畏敵不前者，后隊斬前隊，將領畏敵不前者，士兵斬將領，每戰依舊率先沖殺敵陣，引得屬下殊死效命。
此后從嘉靖三十四年到隆慶四年，馬芳從游擊至參將、最后成為宣府總兵，一直與阿勒坦為主力的韃虜正面對抗。
嘉靖四十年，馬芳頂著巨大壓力，殺出自己的宣府防區，在山西大同七戰七捷，贏得大勝。從宣府到大同、從大同至懷安，馬芳軍的奔襲距離，在這場戰斗中竟長達一千里。捷報傳來，大明上下震驚，朝野上下一片狂喜，世宗擢升其為宣府總兵官。
任宣府總兵時，馬芳在萬全堡戰役中力壓戚繼光、李成梁等人，終于成長為“大明將帥之冠”。
馬芳此役利用了其在蒙古人心目中“馬太師”之威名，用一萬精銳對上阿勒坦十萬騎兵，在馬蓮堡城墻倒塌，已成絕地的情況下，先偃旗息鼓，擺出空城計嚇唬阿勒坦，并頂住了阿勒坦的多次試探。
等第二天阿勒坦想退兵的時候，馬芳率兵“大破之”，把阿勒坦主力趕進了明軍早已設伏良久的大同，延綏兩鎮精兵乘機出動，取得了九邊罕見的大勝——雖然沒打成殲滅戰，但是首級功和繳獲也很多。
其后的隆慶四年，馬芳終于反守為攻，殺出國門——率領精銳騎兵在咸寧海子外圍兜住阿勒坦主力，又是一戰“大創之”。——他以此功從一個農家子終于第二次干到了一品左都督，再往上就是伯爵了。
被馬芳打的快崩潰的韃靼蒙古，終于因阿勒坦強娶其孫把漢納吉的未婚妻烏納楚導致了大分裂。
隆慶四年、五年，阿勒坦和王崇古會談，經一番辯論，阿勒坦終于屈服，交出了趙全、李自馨、王廷輔等漢奸，接受朝廷下詔冊封為“順義王”，其兄弟子侄部下皆受封都督、同知、千戶等官職，在延綏，紅山敦，寧夏清水營等地開設“互市”，恢復漢蒙兩族邊民貿易。
一直到萬歷四年，基本上保持了六七年和平的九邊——是馬芳等將士拋頭顱，灑熱血打出來的。然而，隆慶六年，萬歷皇帝繼位之后，因高拱被逐，大腿倒塌，馬芳被勒令“歸家閑住”。