在隆慶六年，剛秉政的慈圣太后會同馮保、國公朱希忠等權貴，向皇姑寺布施了一口大鐘。皇姑寺歷來與崇佛的明代宮廷關系密切，李太后布施大鐘實際上是向天下展示了當政崇佛的風向標。
李太后帶頭之后，立即在本就有一定佛教基礎的天下掀起了崇佛的風潮。“京師內外，多置梵剎，動費聚萬。”朱翊鈞穿越過來后，將李太后用內帑修造梵剎的興趣轉向了蒙古、寧夏和西藏等地。但漢地權貴為了巴結慈圣，布施寺田、金銀，遠超內帑在邊地的投入。
萬歷二年，禮科給事中梁式題《禁左道三條》，其中言：“今各處大小寺院庵觀，不可計數矣......淫祠煽惑于民風。”又言“異端粉飾聲容以誑惑愚俗，未有如今日之盛也。”——若不是朱翊鈞攔著，李太后恨不能宰了他。
李太后對給事中可以喊打喊殺，但對張居正就不敢這樣了。作為套著儒家皮兒的法家門徒，張居正是絕對意義上的無神論者。
在張居正的支持下，禮部連發“禁左道”之令，重申日漸崩壞的太祖《申明佛教榜冊》，狠剎佛門無序發展的歪風。而萬歷初年的慈圣太后，對佛教本義也不是很清楚——拿內帑修碧霞元君的娘娘廟就是明證。
她面對當時佛門“逾越禮制”、“奢侈香蘸”的歪風也甚是反感。因此，對張居正有理有據的壓制不再反對。
朱翊鈞逐步掌握大政之后，李太后有了大量的時間禮佛，且深入的學習佛法，她比原時空更早的成為一個無比虔誠的佛教徒。
而中國的宗教，從未取得過中世紀教皇國那般崇高的地位。佛教徒無不深知，“不依國主則法事難立”，“沙門所作一切佛事，無非為國祝厘，陰翊皇度。”對自己的發展必須依靠皇權是心知肚明的。
作為皇帝的親生母親，慈圣太后受到佛門的高度重視。當時名顯天下的高僧，無不以到宮中**為最神圣的使命。
萬歷元年，慈圣以“保國選僧誦經”為由，由僧錄司宣召高僧入宮**，憨山即在其內。
憨山幼時頗有慧根，入法門修習佛法前，其師祖見他聰慧，反倒讓他先深研儒家、道家諸般法門，世事洞明的學問也讓他學，人情練達方面更有言傳身教。
如此一來，憨山剃度后如同開掛，一路勇猛精進，很快闖下偌大的名頭。因他深諳世情，為李太后**時既能通俗易懂，又能鞭辟入里，將居士修行法門和境界講的清清楚楚，李太后大悅。
萬歷五年春天，憨山在修行中發愿，以皇帝當年刺血抄經，為太后祈福為榜樣，刺血泥金寫經，來報父母深恩。慈圣知道后大受感動，覺得憨山身體力行，打破了“佛教徒拋棄父母家庭，才能斷絕塵緣”的謠言，命朱翊鈞以皇帝的名義“賜金紙以助”。
同年秋天，紫柏、妙峰、憨山三大高僧，在五臺山舉辦盛大的祈福法會，祝禱皇帝子嗣綿長。這事兒更對上了李太后心思，她除了贊助布施之外，還發愿要在五臺山上修建釋迦文殊舍利寶塔，來保佑第一個皇子的降生。
到了年底，莊靜嘉懷孕的消息確認。李太后可不管親兒子做了多少努力，立即認定這是五臺山法會的作用，在崇佛的道路上越陷越深。
等到了莊靜嘉要生產時，李太后焉能不找最信任的高僧護法？因此，紫柏和憨山受命，從五臺山返回，在已經完工的仁圣寺日夜誦經祈福。等皇后順產，李太后對朱翊鈞說：“看吧，高僧念經，你媳婦順產，你還能說什么？！”朱翊鈞聽了，哭笑不得。
但是美中不足的是，李太后認為榮昌公主應該是個男孩。嗯，定是在某個環節出了問題，否則不應該如此。
有疑問當然要問，于是九月十九日觀音菩薩出家日，憨山大師就被接到養心殿，慈圣和皇帝要親自問問為什么這皇后頭一胎是女兒。