但是京師大學還是要收學費的，這也開了官方收費教育的先河。明朝的讀書人進入秀才階段，分為貢生、廩生和增生，貢生進國子監，沒有學費一說，還有糧米補貼；廩生和增生進州學和縣學，也不收學費，廩生照樣有祿米可拿，對家用不無小補。
但以現在的國力，無法支撐免除學費的現代教育體系。因此，萬歷十年才頒布的《普及教育詔》中規定，凡適齡兒童，各地政府要普及三年掃盲教育——認識兩千簡體字、掌握基本通識和四則運算，此為幼學教育，此段教育學費全免。
幼學教育之后，小學、中學乃至各省正在建設的大學，都收學雜費，以補地方財政的不足。由縣學、州學改革而成的小學、中學，師資力量急劇增加，場所擴增數十倍，多數地方負擔不起。
為了給予貧困生上進之路，《普及教育詔》中規定，凡助學慈善之家，地方官可按朝廷給予的名額予以表彰，授太平紳士等銜，有建牌坊、加高門第等禮遇，賜見官不跪等特權。
同時，《普及教育詔》還鼓勵各地鄉紳自主辦學，只要使用朝廷統一規定的教學大綱和教材，均可自辦學校。私立幼學生只要滿足八成以上比例通過掃盲考試，自主辦學的鄉紳即可獲得相應政治待遇。
對于小學以上的私立學校，朝廷采取的是不鼓勵，也不禁止的政策，憑民自主。
為了順利對接科舉制度，《普及教育詔》明確劃分了普及教育與科舉之間的界限。畢業證與功名無關，任何一個學生讀了書，要想獲得朝廷的退稅待遇和其他政治待遇，還需要參加科舉。想當官，照樣要考科舉。
不過，和《普及教育詔》一起頒發的《科舉考試管理條令》附件中，劃定了萬歷二十年以后的各級科舉考試大綱——萬歷二十年以后要想獲得功名，不接受新式教育基本不可能。萬歷十年到萬歷二十年之間的科舉考試，所有考生都要加試《通識直指》——只有填空題，且考試內容絕不超綱。
如此一來，對張居正當時在平臺召對時最擔心的讀書人離心之事，朱翊鈞做出了重大妥協。這種政策除了給了讀書人十年緩沖期之外，只是將要把八股從科舉制度中剝離，進而把讀書人都驅趕到新學上去。
京師大學成立之后，除了設立哲學、數學、天文、物理、化學、生物等基礎學科供大學生深造，更設立了冶金、農學、法學、經濟、教育學等經世濟用的學科，為朝廷培養專才。
至于這些專才未來的出路，一方面可以到現在雨后春筍般出現的各類會社任職，另一方面也可參加朝廷專門為大學畢業生設置的“恩科”，考取政務官職。為了提高讀書人進入大學的積極性，考取專項政務官后，朝廷將賜予“同進士出身”待遇。
令天下人感到好笑，文學之士感到受辱的是，皇帝無比重視的京師大學，并無文學專業。朱翊鈞始終把文學和藝術放在“個人修養愛好”的層面，不設專業也一直體現了他不喜歡“文學之士”的一貫風格。
京師大學的成立，是朱翊鈞十年來一直欲貫徹“教育興國”理念的集大成者。京師大學和京師師范大學、京師醫學院、南苑武學院從此以后成為本時空的最高學府，數百年后也沒有任何學校能夠撼動它們的地位。
參加完開學典禮的朱翊鈞，在乘坐馬車返回宮城的時候，可以無愧于心的做出判斷，只要自己活得足夠長，把教育改革融入帝國肌體，那本時空的中華民族將永遠立于不敗之地。
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