金剛狼被帶到賊窩，在場的有真理子，銀武士，毒蛇，還有一個巨大的銀色武士機器人。金剛狼兩只手被困住，毒蛇用詭計使金剛狼伸出爪子并將其固定。
機器武士站了起來正準備用武士刀熱切掉爪子，這時真理子將固定裝置破壞。金剛狼開始反擊戰斗，這時候雪緒趕到，與毒蛇搏斗并將其重創。
金剛狼繼續與機器武士搏斗，武士將金剛狼一只手上的狼爪切了下來。金剛狼處于劣勢，這時銀武士良心發現，在背后偷襲了機器武士，但同時也被機器武士掐死。
金剛狼砍下了機器武士的頭，并將其踹到了樓下，同時雪緒也打死了毒蛇。機器武士活了過來，一下子砍掉了金剛狼的另外三根爪。
危急關頭，真理子用砍掉的爪子刺進了機器武士的身體。盔甲打開，里面的人原來是幾天前就去世的矢志田，原來他想奪取金剛狼的永生能力。
矢志田沒有罷休，用某種儀器吸走了艾德曼金屬。而矢志田也變得年輕了。金剛狼怒了，而這時骨爪也長了出來，金剛狼刺死了矢志田，并將其推進海里。
一切結束了之后，在機場，金剛狼和真理子道別，此時真理子已經接手矢志田公司，金剛狼和雪緒上了飛機兩人坐著飛機回到了美國。
金剛狼下了飛機，走到安檢口時旁邊塑料筐里的金屬物突然動了起來，這時，一個熟悉的聲音出現。是萬磁王！
接著周圍的一切靜止，已經死去的查爾斯教授竟然坐著輪椅出現了。
原來這個時候玻利瓦爾·特拉斯克所制造并指揮的新型特種戰斗機器人“哨兵”開始了對變種人的獵殺。
哨兵機器人可以檢測出任何形式的變種類型，而他們的基因則能夠讓他們瞬間變換和改造自身，從而擊敗變種人。
變種人徹底陷入了劣勢，經過十年的艱難抵抗。變種人最終還是失敗了。
這使得變種人的唯一希望，便是回到過去，在特拉斯克的研究最終導致他們的滅絕之前，改變歷史。
利用幻影貓凱蒂的能力，金剛狼羅根穿越時空開始了這個艱辛的旅程。他必須聯合年輕的變種人領袖X教授，以及他一生的對手萬磁王，去找到魔形女，并阻止她刺殺特拉斯克。
金剛狼穿越時空修改歷史，哨兵計劃取消。從這之后就形成了新的時間線。
天啟出生于埃及第一王朝，是地球上最古老、最強大的變種人沙巴泊，曾擁有無數信眾，但后來遭人背叛，被人活埋。
幾千年后，強大無匹而且永生不朽的天啟從數千年的深埋中獲釋，憤怒的他發現同類不再被視為神祇，他對人類世界充滿厭惡，決定摧毀它重造一個新世界。
為了實現自己的野心，天啟四處游走，開始搜集他的仆人——天啟四騎士。因為天啟的力量，暴風女、靈碟、天使、萬磁王的超能力得到巨幅提升，同時他也計劃將他的意識移入X教授體內，從而組建一支變種人的軍隊。