皇上關于暫停早朝的圣旨，在朝中沒有引發多大的波瀾，朝中需要做的事情太多了，諸多的官吏大都忙的腳不沾地，落實諸多的事情總是需要時間的，暫時不參加早朝也是好事情。
皇上的圣旨也說的很明確，因為朝中和地方需要落實的事情很多，且地方與朝中的諸多需要決斷的事宜，可以交付內閣商議，最終由內閣進行稟報，不需要每日里的早朝來商議，今后就算是恢復早朝，也不需要每日都進行了。
離開南京之前，朱慈烺專門找到了左都御史路振飛和右都御史張慎言，叮囑了近半個時辰的時間，說到的全部都是整頓朝綱的事宜，應該說整頓朝綱要從制度上面著手，上上下下進行全面的改革，這樣才有作用，不過時間上面來不及，朱慈烺首先要穩定朝廷、穩定南方，首先要打敗后金韃子的進攻，所以當下只能從盯緊官吏方面著手。
路振飛為官耿直，仗義執言，不畏權貴，出任左都御史是最好的人選，不過這樣的官員也有突出的問題，那就是眼睛里面容不得沙子，須知官場上是復雜的，千里做官只為財，朝廷給予官吏的俸祿少得可憐，養活家人都存在困難，如此情況之下，讓官員清廉如水，那就是自欺欺人，朱慈烺必須讓路振飛明白這一點。
至于說張慎言，朱慈烺最為欣賞的就是張慎言認定人之欲即天理，反對存天理去人欲，張慎言的這種思想，在品評官吏的時候，能夠做到基本的公平公正。
朱慈烺專門提到了萬歷年間的內閣首輔張居正，說到了張居正的考成法，考成法注重對官吏的監督考核，以業績為中心，行的升職，不行的貶職，且嚴格執行，此舉大大提升了部門的辦事效率，朝廷的決定得到了最為徹底的執行，今后朝廷亦要大力推進考成法。
朱慈烺的苦口婆心，甚至與路振飛、張慎言辯論，舉了很多的例子，總算是讓兩人明白自己的苦心，那就是當下的南方，首要的是穩定，對于官吏的監督責罰，一定要從實際出發，切不可拔高要求，導致督查院對官吏的監督成為水中月鏡中花。
朝廷官吏的配備，朱慈烺已經盡全力了，史書上面的南都三清，侯峒曾出任兵部左侍郎，陳洪謐出任戶部左侍郎，徐石麟出任吏部左侍郎，至于說南明三賢相，高宏圖與史可法已經是內閣大臣，姜曰廣是翰林供奉、掌院學士，將來也是要進入內閣的。
至于說抗清三公，江陰的閻應元、陳明遇、馮厚郭，因為三人都只有生員的功名，短時間之內不可能啟用，朱慈烺只能讓龍祖山暗地里關注這三人，等到機會成熟之后啟用。
江西總督袁繼咸，賦閑在家的黃道周、翟式耜、黃端伯、朱大典等人，亦是朱慈烺特別關注的對象，特別是袁繼咸、黃端伯何朱大典三人，袁繼咸敢于直言犯上，為官清廉，黃端伯辦事干練、廣知博聞，朱大典能夠帶兵，有氣節，這三人的能力都很突出，如果能夠發揮其特長，對于朱慈烺將是巨大的幫助。
朱慈烺準備御駕親征時候，黃端伯與朱大典兩人已經奉旨來到了南京。
朱慈烺毫不猶豫的下旨，敕封黃端伯為禮部左侍郎，跟隨前往山東，至于說朱大典，同樣跟隨朱慈烺前往山東，抵御后金韃子的進攻，朱大典曾經長時間擔任山東巡撫，對于山東的情況很熟悉。