說到底，崇禎南渡以來，并沒有辦法改變大明朝一直以來的黨爭問題，雙方固然在崇禎面前不能撕破臉，可是針對互相下黑手卻是并沒有什么心理上的問題，特別是南方基本上都是東林一黨的底盤，他們一方面想要打擊京師一派的力量，一方面對南方的閹黨勢力同樣不會手軟。
總之，如今聚集在南京的東林-復社一派官僚們始終都打著一個如意算盤，一來是趁著北都淪陷，將那些沒有跟著南下的官員們打成‘從賊逆黨’，將那些南下的少數官員實施孤立政策，而另一方面堅決抵制那些在野士紳重新入仕，特別是閹黨一派的余黨更要嚴防死守，，這樣可以為自己控制從中央到地方的全部要津鋪平道路。
很不幸的是，阮大鋮就是東林君子們眼中大大的閹黨，而這件事則是要牽扯到崇禎剛剛繼位的時候，當時魏忠賢剛剛垮臺，朝廷上兩派勢力的爭斗尚未明朗化，而這個時候阮大鋮急于入朝做官，便想了一個投機取巧的招數。
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什么招數呢？其實說白了并不新鮮，他專門草擬了兩份內容完全不一樣的奏疏，一封是專門攻擊以魏忠賢為首的閹黨，另一方面則是專門攻擊東林清流，他老人家想得倒是挺好，看哪邊快敗了，就把攻擊該黨的奏疏拿出來撈取機會。
關鍵是就在于阮大鋮所交非人，他派人把疏稿送往北京請友人楊維垣相機行事，可沒想到楊維垣轉過頭來就把他賣掉了，即將前一封攻擊閹黨的奏疏拿給自己用了，而把攻擊東林的奏疏代替阮大鋮呈遞了上去，這一下子使得東林人士為之大嘩，阮大鋮因此被列入逆案第三等，永不敘用。
至此，阮大鋮只能借寓南京編演新戲，交結朋友，聲歌自娛，可是沒想到東林的后輩們欺人太甚，還專門寫了一篇《留都防亂公揭》廣泛征集清流簽名，而這一篇文章的矛頭便對準了阮大鋮，使得阮大鋮的名聲徹底一片狼藉。
后來的，到了崇禎十四年時，周延儒在部分東林黨的支持下，通過重賄司禮監太監的方式，重新當上了首輔，而這個過程中，作為閹黨的馮銓和阮大鋮也參與了籌集賄金，只為了東山再起。
本來周延儒的確準備起復馮銓和阮大鋮，可是受到了東林的集體反對，礙于東林骨干的要挾下，他只能采取折中的辦法，將阮大鋮的同年好友原宣府巡撫馬士英起復為鳳陽總督，而馬士英當年也是一個老倒霉蛋了。
原因很簡單，馬士英本身也是東林出身，他在政治態度上其實比較傾向于東林和復社，跟錢謙益、陳子龍、夏允彝等人關系還不錯，不過他政治上并不順利，在崇禎五年的時候擢右僉都御史，巡撫宣府，結果剛剛當上了這個官以后，他就挪用了公款來賄賂朝廷當中的權貴，結果被鎮守太監王坤所舉報，然后官沒當成，落了一個遣戍的結果。
不過說起來這也是當時的官場慣例，東林眾人并不認為這是一個過錯，只覺得是閹黨們的構陷，還曾經為馬士英上書憤憤不平過，只可惜沒什么用。
于是，當馬士英得到阮大鋮的推薦重新成為鳳陽總督的時候，他自然對阮大鋮感激不盡，一心想著要報答對方，便存心要起復此人。
如果放在往日里，朝廷里有東林君子們擋著，馬士英一個地方督撫也沒啥好辦法，可是眼下崇禎要讓他去經略河南，這可不是一件非同小可的事情，很有可能會順水推舟起復阮大鋮，到時候只怕牽出蘿卜拔出藤，其他這些閹黨大臣也會跟著一起起復，到時候東林君子們可就傻眼了。
因此，眼下東林君子們自然是強烈反對讓馬士英出鎮河南，甚至攻擊其為閹黨張目。
眼見得朝廷群情洶洶之際，崇禎再一次見識到了東林們的強大，他微微皺了皺眉頭，道：“若是不用馬士英，由誰來代替他呢？”
聽到崇禎的問話，朝廷內卻陷入了一陣沉默，畢竟對于東林大臣們而言，他們本身都是袖手空談的君子，怎么能親自下場去做事呢？到時候做成了固然好說，要是沒做成，那可就麻煩了.......