通過這次改革，趙構首先糾正北宋遺留下來的問題，重定賞罰標準，以解決統治階級內部矛盾。并廢除宋徽宗時打擊反對王安石變法的朝廷重臣的政策。其次，減輕人民的經濟負擔，緩和階級矛盾。第三，限制宦官的權力。第四，調整部分官制，合并了一些機構，以適應抗金戰爭的需要。
苗、劉之變是構成趙構最終收繳兵權、向金人妥協求和的一個因素。
趙構本來就懼怕地方武力和將領擁兵坐大，這次的政變更成了趙構心中揮之不去的陰影，也加強了他這番心理，使趙構終其一生都不再信任武將，且頻繁調度將領，達到“兵不識將，將不識兵”的目的，從而使南宋重文輕武的情形加劇。
甚至于平定叛亂的功臣張浚，也因為掌握著兵權，很快受到皇帝的猜忌，又被重提富平之戰，逐出了臨安，謫居福州，一直閑賦了好幾年。
甚至因為苗傅拿徽欽二帝仍在北方來質疑趙構皇位的正統性，并以此為主要理由要求趙構退位，更加深了趙構對此事的耿耿于懷，對于他往后排斥北伐、傾向與女真和議也有一定程度的影響
另一方面，被苗劉扶上皇位的太子趙旉在兵變中受盡顛連，不久后就一病不起，不幸夭折，趙構本人也因故失去了生育能力，自此絕嗣。
宋太宗一脈的趙宋皇室都在靖康之變中被金國俘虜，因此，趙構身邊已經沒有了立儲的人選，一旦宋欽宗回朝，趙構的皇位更加難保，皇位繼承人問題成了他的心腹之患。
在南宋朝廷出現這次大變顧的時候，秦檜已經到了完顏昌的營中先充“任用”，后任命為“參謀軍事”。有一次金兀術還特地宴請秦檜，而“左右侍酒者，皆中都貴戚王公之姬妾”，使得秦檜更加的感動，徹底的投降了金人。
完顏昌進攻淮東的時候。秦檜如何當“參謀”的詳情，出了什妙計，史書記載的不多，只是隱晦的提到他曾向被圍的楚州寫過勸降書。
楚州之戰是當時最壯烈的保衛戰之一，全城軍民在趙立指揮下，盡管糧盡援絕，只吃樹皮草根，仍死守不屈。城破之日，軍民“抑痛扶傷巷戰，雖婦人女子亦挽賊俱溺于水。”以英勇就義回答了勸降。
完顏昌負責京東和淮東，秦檜隨軍同行。這年十月，秦檜攜家眷離開金營，取道漣水軍水砦，返回行臨安。
秦檜歸宋后，自稱殺了監視自己的金兵，搶了小船逃回。朝臣多持懷疑態度，宰相范宗尹、樞密院李回與秦檜關系要好，竭力保薦他的忠心。
秦檜返朝入對，提出“如欲天下無事，南自南，北自北”的南北分治方略，并呈上草擬的和議書。金軍在北方窮于應付游擊健兒的襲擾，在南線又接二連三地挫敗，使金國改變了單純軍事進攻的方針，重新撿起“以和議佐攻戰”的策略。
“南自南，北自北”是完顏昌的南北朝方案，也是秦檜在南宋的政治活動指針。這正符合趙構南北分治的想法。趙構認為秦檜忠心可嘉，任命其為禮部尚書，秦檜的隨從也都改為京官，就連船工孫靖也補官為承信郎。
二月，秦檜升任參知政事。宰相范宗尹建議討論徽宗崇寧、大觀以來朝廷濫賞之事，秦檜極力贊成，但趙構堅決反對，秦檜遂附和高宗，并以此為由竭力排擠范宗尹。
七月，范宗尹罷相，秦檜揚言：“我有二策，可聳動天下。”有人問他為何不說，秦檜說：“現在沒有宰相，無法執行。”