皇帝進京的日子，定在了四月十三，所以在四月十二便有第二道詔命發下來，任命官員，底定中央人事。
這些官員之中，有原任，有新任，經此一道程序，便能夠統一以新的身份迎接皇帝入城。
份屬大九卿的官員任命，理論上是要經過廷臣會推的，但大家現在都還是剛摘掉如夫人牌子的南京官員，因此全憑皇帝中旨特簡，無人能有異議。
史可法仍掌兵部，呂大器兵部左侍郎，進原任遼東巡撫黎玉田為兵部右侍郎。
高弘圖為吏部尚書，黃道周吏部侍郎。
倪元璐戶部尚書，周堪賡戶部侍郎。
進顧賜疇為禮部尚書，何楷為禮部侍郎。
遷張慎言工部尚書，進御史盧世溶為工部侍郎。
劉士禎為刑部尚書，賀世壽為刑部侍郎。
韓贊周出任鳳陽鎮守太監，與馬士英一起，總督鳳陽諸軍。
劉宗周為左都御史，左光先為右都御史。
李沾為太常寺卿。
解學龍為大理寺卿。
許譽卿為光祿寺卿。
姜曰廣為詹事府詹事，吳偉業并以少詹事兼侍讀學士。
建言科道之中，吏部給事中章正宸，戶部給事中熊如林，兵部給事中陳子龍，都是深孚眾望的人選。
這一番人事更張，穩中有新，仍是進取氣象，大家都很滿意。至于以倪元璐掌戶部，則是人人都猜得到的事情，都覺得本該如此，沒有什么可說的。
到了四月十三，城中的群臣分批迎駕，第一批以史可法為首，將皇帝的鹵簿法駕擺在桃葉渡相候，眼見著已經清空的江面上，三只大船緩緩截江而來。
船一靠岸，五百從駕的護衛先下，跟著便見到駙馬護衛著崇禎皇帝，慢慢從船上下到了碼頭，從城東大營調來的三千人立時山呼萬歲，聲聞數里之外。
崇禎上了專備的玉輅車，在數千人的簇擁下，以鹵簿儀仗為引導，緩緩前行，旌蓋如云，羅傘無數，前有旗纛數十執，后有金瓜節鉞相護，再后還有數十騎執豹尾槍斷后，單是持鹵簿者便不下五百人，整個隊伍長達二里許，看上去既繁華燦爛又莊重肅穆。
待到入城，由左都御史劉宗周帶領的第二批大臣已在城門口迎駕，扈從著御駕一路由西向東，沿途由錦衣衛和五城兵馬司下了警戒，但皇帝入城的消息，早已滿城轟動，警戒線之后仍有十萬計的百姓跪迎圣駕，一瞻御容，許多人淚流滿面，將罩著黃色紗幔的香花舉在頭上，以示崇敬之心，崇禎也肯一路揮手，頻頻點頭。
周世顯毫不客氣，縱馬走在御駕之旁，這是他血拚兩千里換來的地位，現在正是昭告眾人的最好機會，當然不會讓人。百姓之中的有識之士，猜到這位玉面青年便是坊間傳言的駙馬，立刻如星火燎原一般口口相傳，不知要害得多少金陵少女今夜無眠。
車駕終于走上了崇禮街，到達洪武門，過千步廊，由承天門進入皇城，然后不再向前進入紫禁城，而是向西一轉，到達了以內守備府改造的行宮。
崇禎就在這里下了玉輦，于廳堂之中大見群臣，接受朝賀，宣告一個月來社稷無主的情形正式結束。
群臣亦都皆大歡喜，有心人卻還保有一個疑問，護駕南下之人的封賞，為何還沒到來？
這個疑問，在皇帝自行宮之中發出的第一道圣旨之后，便有了解答。
“近畿安危，所關尤重，著駙馬都尉周世顯署中軍都督府左都督，領京營兵事，領五城兵馬司事，管廣洋衛、蕃牧千戶所，并領南直隸揚州衛以下二十六衛，松江千戶所以下十六千戶所。惟府務繁重，著即遷漢王府閑址辦事，一切有功人員，著該督具名保奏，一體賞賜。”
圣旨一下，人人都恍然大悟，萬歲畢竟還是要以駙馬來領衛護京畿安全之責，至于漢王府，自從朱高熙父子造反被殺，已經閑置多少年，現在名義上給中軍都督府用于辦差，實際上會不會就是駙馬府，以酬庸他護駕南下的不世之功呢？
又或者，其實是公主府也說不定……