經過大朝會的廷論后，明朝官場和士林間對體制改革和科舉改革逐漸達成統一認識，朱厚照和內閣商議后，決定進一步推行體制改革。內閣更名為政務院，內閣首輔劉大夏為政務院院長，其余八人均為政務院副院長。撤銷原六部及一應院司，重新設立各部，朱厚照參照后世，采取修改撤銷合并等方式，共設立了十余個部，分別如下：吏部更名為人力資源部、戶部更名為財政部、禮部更名為教育部、商部更名為商務部、稅部更名為稅務總署，刑部更名為刑偵部、工部更名為科技部、鴻臚寺更名為外交部、大理寺更名為司法部、都察院更名為監察部。
新增國家安全部、交通部、教育部、民生部、自然資源部、水利部、衛生部、廉政署、審計署。原內閣成員不再擔任各部具體職務，只負責管轄，其中人力資源部、司法部、監察部、廉政署、審計署為獨立部門，由皇帝朱厚照親自管轄。修改原有職位品級，更名為院級、部級（署級）、府級（司級）、縣級（局級）、吏級。吏員分為三級，所有官員必須從一級吏員做起。
政務院成員屬于朝廷最高職級，撤銷原各部職級稱謂，尚書改部長，侍郎更名為司長，以此類推。撤銷原省一級行政機構承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司，更名為省府，最高長官為省長（部級），副省長（副部級）八人，分別管轄不同的政務部門；參照朝廷各部設立對應的部門。
兵部改組為軍務院，楊一清為第一任軍務院院長，下設總參謀部、總裝備部、總后勤部、總訓練部、軍情部和八大戰區，軍情部由錦衣衛改制而來，西山戰區更名為北平戰區，負責京城和京畿之地；遼東戰區負責京城以北（現東北地區）；山東戰區負責山東、山西、河南；南京戰區負責南京、浙江、江西、湖廣；四川戰區負責四川、陜西及西部，廣東戰區負責廣東、廣西、福建、海南；云南戰區負責云南、貴州。
每個戰區按照軍務院架構設置參謀部、裝備部、后勤部、訓練部，設司令一人；按照作戰所需設立相應的作戰部隊，以師為單位。朱厚照作為一國之君，自然是最高統帥，但朱厚照很清楚若是大權總攬，會導致大臣不滿，到時候又會出現皇權和臣權之爭，所以他選擇了放權，政務院具有最高行政權，朱厚照負責立法權和軍權。
梳理完體制改革后，從京師到地方開始進行轟轟烈烈的改革，科技改革開始以北方為試點，三年后推行全國。成立西山學院，為大明朝第一所高級學院，學院依舊設立在西山，西山衙署專門劃分了一百畝地供學院使用，現在正在交由西山建筑建設，學院現階段設立了數學、物理、化學、農業等分院。
朱厚照心里核算著，再有差不多五年時間應該有不少的學生踏入西山學院學習研究，到時候才是明朝開始發力的時刻，自己是不是掛個
（本章未完，請翻頁）
學院的院長名分呢？朱厚照想了想，隨后又放棄了這個年頭，現在由于朝廷從上到下的改革，朱厚照每天愈加繁忙，除了處理政務，朱厚照每天還堅持編寫高等數學、物理、化學等高級教材，每天忙得不可開交，五年后估計會更忙，到時應該收復日本了吧？
朝鮮王宮旁邊的軍營校場，王守仁看著眼前瘦弱的朝鮮士兵，站姿勉強還過得去，朝鮮士兵對于明朝官兵的到來沒有什么排外的情緒，反倒是朝鮮軍隊的將軍頗有不滿，言辭之間充滿敵意。