足利義材就任將軍后，足利義視和畠山政長的權勢大漲，而當初支持足利義視父子的大奧國實權掌握者日野富子被邊緣化，日野富子也開始日漸不滿，與足利義視漸行漸遠。延德3年（1491年）足利義視去世后，畠山政長壟斷了幕府的權力。自此開始細川家族與足利氏間隙越來越大，無法彌補，細川政元開始謀劃顛覆足利家族。
細川政元首先考慮聯合越后國，先是拜訪了越后國守護上杉房定，與上杉房定敲定合作事宜后。細川政元原本還想去奧州國，但因為足利義材討伐六角高賴而放棄。明應二年（1493年），幕府將軍足利義材出兵河內國，支持畠山政長討伐畠山義豐，細川政元趁機聯合日野富子、伊勢貞宗率軍攻入京都，擁立原將軍候選人足利義澄為室町幕府第十一代將軍，史稱“明應之變”。
政變剛開始時屬于畠山政長的赤松政則也投向細川政元，孤立無援的畠山政長自殺身亡，擁有巨大權力的畠山家族勢力被大大削弱。足利義材也被抓，被幽閉在京都龍安寺。明應三年（1494年），足利義澄還俗，正式就任幕府將軍，細川政元就任管領。但足利義澄只是傀儡，實權都握在管領細川政元手中。廢立幕府將軍在室町幕府中是首次，這之后的足利將軍幾乎都是毫無實權，徒有虛名。
足利義材在幽禁期間，得知自己將被流放到小豆島，于是在旁人的幫助下逃離京都，到達畠山政長的領國越中國的放生津，并受到了畠山政長家臣神保長誠的保護，在該地區豎立幕府，稱為越中公方，此時足利義材僅僅只是沒有實力的亡命者。
明應八年（1499年），足利義材在紀伊、河內、越中守護畠山尚順（畠山政長之子）的支持下率北陸之兵侵攻近江，比睿山延歷寺也暗中支持。細川政元快速地察覺了延歷寺的行為，立刻轉移行動，命赤澤朝經和**伯部宗量對延歷寺采用了大規模火攻，這次行動把根本中堂、大講堂、常行堂、法華堂、延命院、四王院、經藏、鐘樓等山上的主要伽藍盡數燒毀。
赤澤朝經乘勢向河內國舉兵擊破畠山尚順，畠山尚順尚順逃往大和國。細川政元以同樣的氣勢進攻大和國。追擊筒井順賢、十市遠治等國人眾，火攻喜光寺、法華寺、西大寺、額安寺，占領了大和北部。赤澤朝經的一連串動作使細川家族的版圖大幅擴大。自此，細川家族開始掌控日本，權傾一時，而后柏原天皇則在細川政元的陰影下登基。
永
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正元年（1504年），攝津守護代藥師寺元一謀反，被細川政元血腥鎮壓。永正三年（1506年）討伐河內的畠山義英（義豐之子）和畠山尚順，赤澤朝經再度被派遣，返回大和國展開侵攻。所以現在的后柏原天皇根本沒人搭理，是死是活也沒人在意。