正中是明道院，設有明道堂，可容納三百余人，是各家都講講經明義的地方，堂前也有對聯：以德育人，千秋示范；因材施教，四海傳經。除過正堂，東廊五間精舍，供都講休息喝茶議事，西廊五間精舍，供學生交流研討。這是采取“講于堂、學于齋”的教學方針，再往后是御、晚晴樓、雙溪樓、萬荷池等等等等
走西側是求真門，多座大小不一的院落依山而建，鱗次櫛比，分別是儒院、道院、佛院、天經院、玉算院以及百家院，這是供諸家子弟求學苦讀誦經習藝的地方，有竟成堂、虎變堂、知過堂、朝聞堂、焉知樓、藏淵樓、星煥樓、養氣樓等。
引著袁青杞參觀完畢，她忍不住感嘆道：“當世肯以這么大的財力物力建造書院者，唯大將軍一人而已！這是千秋之功，圣人之舉，不為三教，當為天下蒼生謝大將軍！”
徐佑笑道：“我不敢居功，錢物和人力，都是陸氏負責。以后我準備在孔廟邊再設一個報功祠，凡對書院有大功者，皆可入祠內供奉。”
袁青杞冷冷道：“陸緒要殺你，這是陸氏費點錢財可以消弭的小過嗎？別人我不管，陸宗周絕對不能入報功祠！”
我都不介意了，你還沒有釋懷……
徐佑苦笑道：“可我很久之前已經邀請陸宗周擔任玄機書院的名譽山長……”
袁青杞淡淡的道：“哦？”
不能不服氣，不管什么時代，女人的語氣助詞永遠能夠那么精確無誤的表達出任何她們想要表達的意思。
徐佑立刻表態，道：“那時我的想法還不成熟，沒有充分認識到名譽山長這個職位的重要性和特殊性，為了更好的推動玄機書院的發展，我決定把名譽山長永久定為五人，除非是各家各宗的領袖，余者皆不能入選！”
袁青杞乜了他一眼，道：“小女子人微言輕，發發牢騷，當不得真，大將軍可千萬別勉強……”
“不勉強！感謝祭酒的金玉良言，簡直振聾發聵！”徐佑表情嚴肅，道：“為表謝意，今晚萬荷池設宴，祭酒務必賞光！”
“都有誰出席？”
“沒有旁人，只有佛宗的幾位法師……”
袁青杞明白徐佑的用意，只有趁他還在錢塘，壓得住陣腳，把佛道兩家的冤仇當面解開，否則的話，一旦他無暇東顧，書院這邊還糾纏不休，怎么安心？
“好！”
袁青杞答應的很爽快，既來之則安之，徐佑想把佛道兩門的爭論局限在書院之內，長遠來看，這對朝廷、百姓和兩教的發展都是好事，她沒有理由不順從，甚至打定主意，哪怕要道門做出一定的讓步，也要幫徐佑達成所愿。