開院儀式結束，靈秀山大宴賓朋，宋神妃親手釀造的雪泥酒重見天日，酒香彌漫山野，人人痛飲狂歌。徐佑的玄功日益精進，幾乎千杯不醉，無論誰人敬酒都來者不拒，劍眉星目，唇紅齒白，衣袂翩翩而起，恍若天上人。
興盡而散，各歸來處，徐佑抓緊時間安排書院的各項工作，以袁青杞為道院監院，以竺法識為佛院監院，以袁蔚為儒院監院，以祖騅為天經玉算兩院的監院，監院以下設有各堂的堂正，堂正以下是管干、典謁和學錄。再效仿春秋時的會盟制度，由徐佑和四大監院組成玄機書院監務會，凡重大事宜，若山長不在，由四人與會協商處理，并另設監辦一人，負責學院的日常行政事務管理。
可以預見，在很長一段時間內，四大監院的精力主要放在講學上，監辦將成為書院的實際掌控者。所以此人必須得是徐佑的心腹，能夠完美執行徐佑的意圖，并有足夠的應對處理各種瑣碎事務的能力，但這個人又不能出身太高，背后不能有明顯的靠山，不然會對監務會形成牽制，尾大不掉。
就這樣沈孟進入了徐佑的視野，袁青杞對沈孟的觀感不錯，支持他擔任監辦一職。所以當沈孟被徐佑叫到房內，說了讓他擔任監務會監辦的打算，沈孟小吃一驚，立刻意識到這是自己千載難逢的機會，豈有不答應的道理？
然后頒布了玄機書院規約，就入學資格、書院禮儀、專業教學、成績考核、違規懲罰、休假制度等條例均被納入規約之內，齊志趣而端士品，全仰仗于此。后世司馬光曾寫文章把規約的存亡作為學院興衰的金標準，朱熹的白鹿書洞書院學規更是被視為書院教育的巔峰之作，所以玄機書院規約制定的十分詳盡，對不率師教、學業無成、假違程限、作樂雜戲等十七中行為作出了相應的懲罰，卻又特別注意不能禁錮學生的思想獨立和創新精神，如何在兩者之間找到平衡，需要日后在書院的發展壯大過程中隨時的刪減和修正。
通過天工坊無比強大的印刷能力，徐佑著作的《五經正義》裝訂成千余冊，發給各院師生。同時對所有愿意擔任書院都講的各宗各學的大家，由天工坊免費開印對方的著作，并通過駱白衡在全國進行推廣和售賣，所得收益盡歸著作方所有。
人活在世，無非名利，誰也逃不出這個真香定律，所以玄機書院很輕易的就籠絡了大批飽學鴻儒，師資力量急劇膨脹。
開院后的第二天，徐佑親自給首批入學的三百五十三名學生上課，講的不是五經正義，而是妙趣橫生的天文地理知識。
東漢時期蔡邕的《天文志》中說“言天體者有三家：一曰周脾（蓋天），二曰宣夜，三曰渾天”。蓋天說就不必提了，樸素的不好意思討論，渾天說相比蓋天說有點點的進步，但也基本屬于知識分子的美好臆想，只有宣夜說吸收了道家關于氣的思想，提出“日月眾星，自然浮生虛空之中，其行其止皆須氣焉。是以七曜或逝或住，或順或逆，伏見無常，進退不同，由乎無所根系，故各異也”的見解，它認為宇宙是無限空間，日月星辰漂浮在氣體里，這具有相當大的突破意義，但它又認為星辰發亮是因為有質有精的元氣自帶光耀，卻又拘泥在了時代的框架里。
“地是圓的,類似一個球體……”
這樣的說辭其實算不得驚世駭俗，畢竟在楚國比這個更過分的言論都不知有多少，然而有意思的是，徐佑以屈原的《天問》為切入點，解釋了天是怎樣，地是怎樣，潮汐是怎樣，太陽月亮如何發光，宇宙如何形成，星辰如何運轉等等等等，聽著匪夷所思，偏偏又能夠自圓其說，這就很了不得！