居正以御史在外，往往凌撫臣，痛欲折之。一事小不合，詬責隨下，又敕其長加考察。給事中余懋學請行寬大之政，居正以為風己，削其職。御史傅應禎繼言之，尤切。下詔獄，杖戍。給事中徐貞明等群擁入獄，視具橐饘，亦逮謫外。御史劉臺按遼東，誤奏捷。居正方引故事繩督之，臺抗章論居正專恣不法，居正怒甚。帝為下臺詔獄，命杖百，遠戍。居正**疏救之，僅奪其職。已，卒戍臺。由是諸給事御史益畏居正，而心不平。
當是時，太后以帝沖年，尊禮居正甚至，同列呂調陽莫敢異同。及吏部左侍郎張四維入，恂恂若屬吏，不敢以僚自處。
居正喜建豎，能以智數馭下，人多樂為之盡。俺答款塞，久不為害。獨小王子部眾十余萬，東北直遼左，以不獲通互市，數入寇。居正用李成梁鎮遼，戚繼光鎮薊門。成梁力戰卻敵，功多至封伯，而繼光守備甚設。居正皆右之，邊境晏然。兩廣督撫殷正茂、凌云翼等亦數破賊有功。浙江兵民再作亂，用張佳胤往撫即定，故世稱居正知人。然持法嚴。核驛遞，省冗官，清庠序，多所澄汰。公卿群吏不得乘傳，與商旅無別。郎署以缺少，需次者輒不得補。大邑士子額隘，艱于進取。亦多怨之者。
時承平久，群盜蝟起，至入城市劫府庫，有司恒諱之，居正嚴其禁。匿弗舉者，雖循吏必黜。得盜即斬決，有司莫敢飾情。盜邊海錢米盈數，例皆斬，然往往長系或瘐死。居正獨亟斬之，而追捕其家屬。盜賊為衰止。而奉行不便者，相率為怨言，居正不恤也。
慈圣太后將還慈寧宮，諭居正謂：「我不能視皇帝朝夕，恐不若前者之向學、勤政，有累先帝付托。先生有師保之責，與諸臣異。其為我朝夕納誨，以輔臺德，用終先帝憑幾之誼。」因賜坐蟒、白金、彩幣。未幾，丁父憂。帝遣司禮中官慰問，視粥藥，止哭，絡繹道路，三宮膊贈甚厚。
戶部侍郎李幼孜欲媚居正，倡奪情議，居正惑之。馮保亦固留居正。諸翰林王錫爵、張位、趙志皋、吳中行、趙用賢、習孔教、沈懋學輩皆以為不可，弗聽。吏部尚書張瀚以持慰留旨，被逐去。御史曾士楚、給事中陳三謨等遂交章請留。中行、用賢及員外郎艾穆、主事沈思孝、進士鄒元標相繼爭之。皆坐廷杖，謫斥有差。時彗星從東南方起，長亙天。人情洶洶，指目居正，至懸謗書通衢。帝詔諭群臣，再及者誅無赦，謗乃已。于是使居正子編修嗣修與司禮太監魏朝馳傳往代司喪。禮部主事曹誥治祭，工部主事徐應聘治喪。居正請無造朝，以青衣、素服、角帶入閣治政，侍經筵講讀，又請辭歲俸。帝許之。及帝舉大婚禮，居正吉服從事。給事中李淶言其非禮，居正怒，出為僉事。時帝顧居正益重，常賜居正札，稱「元輔張少師先生」，待以師禮。