三板沙賊掠民舟將遁，大猷追擊于馬跡山，擒其魁。金涇、許浦、白茅港賊俱出海，大猷追擊于茶山，焚五舟。賊走保馬跡山、三板沙，將士復追及，壞其三舟。江陰蔡港倭亦去，官兵分擊于馬跡、馬圖、寶山。值颶風作，賊舟多覆。柘林倭亦為官兵所擊沉二十余舟，余賊退登陸。已，復泛舟出海。大猷及僉事董邦政分擊，獲九舟。而賊又遭風壞三舟，余三百人登岸，走據華亭陶宅鎮，屢敗趙文華等大軍。夜屯周浦永定寺，官兵四集進圍之。而柘林失風賊九舟巢于川沙洼，糾合至四十余艘，勢猶未已。巡撫曹邦輔劾大猷縱賊，帝怒，奪其世廕，責取死罪招，立功自贖。時周浦賊圍急，乘夜東北奔，為游擊曹克新所邀，斬首百三十，遂與川沙洼賊合。諸軍日夜擊海。大猷偕副使王崇古入洋追之，及于老鸛觜，焚巨艦八，斬獲無算。余賊奔上海浦東。
初，以倭患急，特命都督劉遠為浙江總兵官，兼轄蘇、松諸郡，數月無所為。廷臣爭言大猷才。三十五年三月遂罷遠，以大猷代。賊犯西庵、沈莊及清水洼。大猷偕邦政擊敗之，賊走陶山，詔還世廕。賊自黃浦遁出海，大猷追敗之。其年冬，以與平徐海功，加都督僉事。海既平，浙西倭悉靖。獨寧波舟山倭負險，官兵環守不能克。是時土兵狼兵悉已遣歸，而川、貴所調麻寮、大剌、鎮溪、桑植兵六千始至。大猷乘大雪，四面攻之。賊死戰，殺土官一人。諸軍益競，進焚其柵，賊多死，其逸出者復殪，賊盡平。加大猷署都督同知。
明年，胡宗憲方圖汪直，用盧鏜言將與通市，大猷力爭不可。及直誘入下吏，其黨毛海峰等遂據舟山，阻岑港自守。大猷環攻之，時小勝。然苦仰攻，將士先登多死，新倭又大至。朝廷趣宗憲甚急，宗憲謾為大言以對。廷臣競詆宗憲，并劾大猷。乃奪大猷及參將戚繼光職，期一月內平賊。大猷等懼，攻益力，賊益死守。三十七年七月乃自岑港移柯梅，造舟成，泛海去。大猷等橫擊之，沈其一舟，余賊遂揚帆而南，流劫閩、廣。大猷先后殺倭四五千，賊幾平。而官軍圍賊已一年，宗憲亦利其去，陰縱之，不督諸將邀擊。比為御史李瑚所劾，則委罪大猷縱賊以自解。帝怒，逮系詔獄，再奪世廕。
陸炳與大猷善，密以己資投嚴世蕃解其獄，令立功塞上。大同巡撫李文進習其才，與籌軍事。乃造獨輪車拒敵馬。嘗以車百輛，步騎三千，大挫敵安銀堡。文進上其制于朝，遂置兵車營。京營有兵車，自此始也。文進將襲板升，謀之大猷，果大獲，詔還世廕。寇掠廣武，大猷拒卻之。先論平汪直功，許除罪錄用。及是，鎮篁有警，川湖總督黃光升薦大猷，即用為鎮篁參將。
廣東饒平賊張璉數攻陷城邑，積年不能平。四十年七月詔移大猷南贛，合閩、廣兵討之。時宗憲兼制江西，知璉遠出，檄大猷急擊。大猷謂：「宜以潛師搗其巢，攻其必救，奈何以數萬眾從一夫浪走哉？」乃疾引萬五千人登柏嵩嶺，俯瞰賊巢。璉果還救，大猷連破之，斬首千二百余級。賊懼，不出。用間誘璉出戰，從陣后執之，并執賊魁蕭雪峰。廣人攘其功，大猷不與較。散余黨二萬，不戮一人。擢副總兵，協守南、贛、汀、漳、惠、湖諸郡。遂乘勝征程鄉盜，走梁寧，擒徐東洲。林朝曦者，獨約黃積山大舉。官軍攻斬積山，朝曦遁，后亦為徐甫宰所滅。大猷尋擢福建總兵官，與戚繼光復興化城，共破海倭。詳《繼光傳》。繼光先登，受上賞，大猷但賚銀幣。
四十二年十月徙鎮南贛。明年改廣東。潮州倭二萬與大盜吳平相掎角，而諸峒藍松三、伍端、溫七、葉丹樓輩日掠惠、潮間。閩則程紹錄亂延平，梁道輝擾汀州。大猷以威名懾群盜，單騎入紹祿營，督使歸峒，因令驅道輝歸，兩人卒為他將所滅。惠州參將謝敕與伍端、溫七戰，失利。以「俞家軍」至，恐之，端乃驅諸酋以歸。無何，大猷果至，七被擒。端自縛，乞殺倭自效。大猷使先驅，官軍繼之，圍倭鄒塘，一日夜克三巢，焚斬四百有奇，又大破之海豐。倭悉奔崎沙、甲子諸澳，奪漁舟入海。舟多沒于風，脫者二千余人，還保海豐金錫都。大猷圍之兩月，賊食盡，欲走。副將湯克寬設伏邀之，手斬其梟將三人。參將王詔等繼至，賊遂大潰。乃移師潮州，以次降藍松三、葉丹樓。遂使招降吳平，居之梅嶺。平未幾復叛，造戰艦數百，聚眾萬余，筑三城守之，行劫濱海諸郡縣。福建總兵官戚繼光襲平，平遁保南澳。四十四年秋入犯福建，把總硃璣等戰沒于海中。大猷將水兵，繼光將陸兵，夾擊平南澳，大破之。平僅以身免，奔據饒平鳳凰山。繼光留南澳。大猷部將湯克寬、李超等躡賊后，連戰不利，平遂掠民舟出海。閩廣巡按御史交章論之，大猷坐奪職。平卒為克寬所追擊，遠遁以免，不敢入犯矣。
河源、翁源賊李亞元等猖獗。總督吳桂芳留大猷討之，征兵十萬，分五哨進。大猷使間攜賊黨而親搗其巢，生擒亞元，俘斬一萬四百，奪還男婦八萬余人。乃還大猷職，以為廣西總兵官。故事：以勛臣總兩廣兵，與總督同鎮梧州。帝用給事中歐陽一敬議，兩廣各置大帥，罷勛臣，乃召恭順侯吳繼爵還京，以大猷代，予平蠻將軍印。而以劉顯鎮廣東。兩廣并置帥，自大猷及顯始也。伍端死，其黨王世橋復叛，劫執同知郭文通。大猷連敗之，其部下執以獻。進署都督同知。