事件開端：闖宮。
萬歷四十三年（1615年）五月初四的黃昏，有一男子，手持木棍，闖進太子朱常洛居住的慈慶宮，欲刺殺太子，擊傷守門太監，太子內侍韓本用聞訊趕到，在前殿逮捕該男子。
手持木棍闖皇宮擊傷多人，馬上有人把此事報告給萬歷帝，萬歷帝當即命令法司提審問罪，巡視皇城御史劉廷元按律當場審訊。男子名叫張差，薊州井兒峪人，沒說上幾句話，就開始顛三倒四，像一個瘋子。
御史再三訊問，可張差總是胡言亂語，什么吃齋、討封，問了數小時，也沒將實情供出。審判菅不耐煩把他交給了刑部定論。交到刑部后，由郎中胡士相等人重新提審。
審查：供出實情
這時張差似乎清醒了些，回答：“我被鄰居李自強、李萬倉等人欺負了，他們燒掉我的柴草，我非常氣憤，就打算到京城告狀，擊鼓伸冤。于是我就在4月中旬來到京城。我是從東門走進來的，但我不認得路，只好一直往西走，半路上遇到兩個男子，給了我一根棗木棍，告訴我拿著這根棗木棍就可以伸冤了，我也不知道怎么回事，可能一下子犯迷糊了，就走到皇宮宮門了，還打傷了許多人，最后被捉住了。”
胡士相仍然難下結論，他認為張差是瘋癲之人，于是把情況上奏了萬歷帝。
刑部提牢主王之寀看出了蹊蹺。有一天，王之寀為牢中犯人分發飯菜，覺得張差決不像瘋癲之人。于是他決定再次審訊張差。為了讓他說出實情，王之寀對張差說：“你說實話，就給你飯吃，要不然就餓你。”張差低頭不語，過了一會兒說道：“不敢說。”王之寀當即命牢中其他獄吏回避，只留兩名獄卒在旁，親自對他進行審問。在威逼之下，張差說出了實情，牽出驚天陰謀。
據張差講，他本名叫張五兒，現年三十五歲，在薊州井兒峪居住，父親已經去世，比較近的親戚有馬三舅、李外父等人，靠砍柴與打獵為生，在一個月前，張差在濟州賣完貨后，賭錢輸了，結果遇上一位太監，太監說按他的要求去做，完事后就能給他30畝土地。于是張差隨這位太監入京，來到一個大宅子又來了一個老太監，老太監供與酒肉。幾天后，老太監帶他進紫禁城。老太監交木棒給張差，又給酒張差飲。帶他經過厚載門，帶到慈慶宮，并囑咐他說：“你先沖進去，撞著一個，打殺一個，殺人也無妨，尤其見到穿黃袍者（是太子朱常洛）這是奸人，打死他，重重有賞，如被人捉住，我們自會救你。”后來他就被逮住了，再問那個太監是誰，張差就不說話了。
供出：幕后主使
萬歷帝一聽，似乎還有隱情，命令員外郎陸夢龍再次提審張差，并引誘他：如畫出入宮的路徑，說出所遇到人的名字，不僅可以免除他的罪過，而且可以償還他被燒掉的柴草。張差信以為真，于是說：“馬三舅名三道，李外父名叫守才，都住薊州井兒峪。前面不知道姓名的老公公，實際上是修鐵瓦殿的龐保。三舅和外父常到龐保住的地方送灰，龐保、劉成兩個人在玉皇殿前商量，還有我三舅、外父，他們逼我拿著棍子打進宮中。如果能打到太子，吃也有了，穿也有了，一同密謀的還有姐夫孔道。”隨后又畫出入宮路徑。
張差的供言，結果供出是鄭貴妃手下太監龐保、劉成指使。
陸夢龍馬上派人調查取證，逮捕了馬三道等人，經核實，張差說的基本無誤。但是龐保、劉成二人，僅是兩名太監，地位低下，單憑他們不可能有如此膽量。可他們均是鄭貴妃的內侍，朝臣有人懷疑是鄭貴妃背后指使，想要謀殺太子，以便扶立福王。王志、何士晉、張問達奏疏譴責外戚鄭國泰“專擅”。一時間朝野嘩然，紛紛猜測，消息傳開后，鄭貴妃則惶惶不可終日，趕來見萬歷帝，向皇上哭訴。
結果：迷霧
萬歷帝要她去向太子表明心跡，對鄭貴妃說：“群情激怒，朕也不便解脫，你自去求太子吧!”
朱常洛看到父親生氣，又聽出話中有音，只得將態度緩和說：“這件事只要張差一人承擔便可結案。請速令刑部辦理，不能再株連其他人。”
萬歷帝聽后，頓時眉開眼笑，頻頻點頭：“還是太子說得對。”萬歷帝見牽扯到鄭貴妃，不想再追查下去。最后以瘋癲奸徒罪將張差處死。
張差臨死前曾說：“同謀做事，事敗，獨推我死，而多菅竟付之不問。”馬三道等人被發配邊疆；龐保、劉成兩人暫時沒有追究，不久刑部、都察院、大理寺三法司前后五次會審龐保、劉成兩人，由于人證消失，龐、劉二犯有恃無恐，矢口否認涉案。
六月一日，萬歷帝密令太監將龐保、劉成處死，全案遂無從查起。
一場梃擊案最后就這樣不了了之。
當時的禮部右侍郎何宗彥疏說：“張差一事，真亙古奇變”。
梃擊案到底是不是鄭貴妃指示，還是太子自演自導的一出苦肉計，借此陷害鄭貴恐怕無人知曉了。而此案成為晚明三大疑案之一。