對與馬鳴風的決定，那些遲到的將士心中還是有些不滿的，可是當他們看到就連教習們都老老實實的受罰，也就只能無奈的接受了。
隨后馬鳴風宣布各種軍紀，要求將士們務必遵守，第一，不準遲到早退；第二，嚴格執行命令，不準抗命；第三，團結一心，不準內斗；第四，不準劫掠百姓；第五，公平買賣；第六，借東西要還；第七，繳獲要歸公；第八，不許虐待俘虜；第九，不許調戲婦女......
對于以上種種紀律，要求全體將士務必接受，凡有違背者，輕則仗刑，重則殺頭，無論是誰，決不輕饒。
在宣布了紀律之后，所有人的心中全都是一凜，看起來知府大人并不是把這支隊伍當做是尋常的丁壯，而是當成了真正的軍隊，不僅嚴格訓練，還嚴肅軍紀。
在那些教習們受罰完畢，馬鳴風將教習們與侍衛們集合在一起，當場宣布，以后對教習改稱教官，在訓練中要嚴格執行教官們的命令，凡是違背者必將嚴懲不貸，同時又禁止教官凌虐軍士，凡是違背者必將重處。
全體軍士和教官們在聽到馬鳴風的命令之后心中凜然，把馬鳴風的那些紀律全都牢牢記在心里。
隨后馬鳴風宣布，以俞振龍為本次練兵的軍中總教官，凡是對本次練兵負總責，包括練兵課目的設置，職官的設置等所有問題。
在之前的對抗中，俞振龍的實力是這些教官們有目共睹的，所以當提出讓俞振龍做總教官的時候，大家也都心服口服。
俞振龍也不愧是有過行伍經驗的人，在被任命之后立刻將這一萬人的隊伍分成了四十隊，每隊200人，為一營，各有一名教官負責，訓練的課目既有陣型、擲矛、弓弩、槍矛、騎馬等等傳統課目，也有使用鳥銃、火炮等新型課目。
后來俞振龍接受馬鳴風的建議，將每一營的將士又分成四部分，每一部分五十人，后來這五十人又分成五部分，每一部分十人。
按照大明的軍制，掌管五十人的軍官為總旗，掌管十人的軍官為小旗，然而馬鳴風所統領的不是正規的軍隊，再加上他本身是知府這一類只管行政的文官，根本無權任命武將，所以就將這些選拔出來的官職進行重新命名。
十人的隊伍為一個班，首領為班長，五十人的隊伍為一個排，首領為排長，二百人的隊伍為一個連，首領為連長，再到后來，又進一步加強了對各連的管理，每五個連為一營，疾1000人，每兩個營為一團，計2000人，兩個團為一個師，計4000人，兩個師為一軍，全軍共計八千人，以俞振龍為軍長，劉兆麟為司馬，蔣平階為參軍，正式組建了這支隊伍的監制。
至于其他的將領，馬鳴風沒有立刻做出決定，他要在那些教官之中遴選出優秀的人才來充任，在這之前主要是把將士們以連為單位組織起來，進行嚴格的軍事訓練。
令人驚奇的是，在練兵場上還有一個十歲左右的童子，這名童子也跟在隊伍中，堅持著嚴格的訓練，比其他的將士一一絲一毫都不少。