順治朝以后，隨著國家各行政機構的建立，帶有年號的木質印信牌被廢棄不用。
這個時候的建奴，仍然處于學習漢人文化的初級階段，通訊手段非常落后，體制中的流程也很落后。
但落后也有落后的好處，雖然漏洞很多，但是傳達什么命令，特別的快捷，特別的迅速，很直接，很簡單的就能落實。
建奴就像是一個特別龐大的部落，大事小事，努爾哈赤一個人說了算。
努爾哈赤在統一女真過程中，把女真人編為八個旗，旗既是一個行政單位，又是軍事組織。每旗下面有許多牛錄，一個牛錄三百人，平時耕田打獵，戰時打仗。這樣既推動了生產，又加強了戰斗力。
八旗制度的直接來源是“牛錄額真”，本為女真人出獵開圍之際臨時設立的“十人之總領”。
1584年，出身建州左衛世家的努爾哈赤興起，牛錄額真成為了建州治下的正式官名，且統轄規模擴大至300人。隨著建州勢力的進一步擴大，牛錄的數目也不斷增多。
1601年（萬歷二十九年），努爾哈赤于每個牛錄設牛錄額真1員，5牛錄為1甲喇，設甲喇額真1員；5甲喇為1固山，設固山額真1員，創建黃、紅、藍、白四固山（四旗），是為后來八旗制度的主要基礎。
1615年（萬歷四十三年），建州已經吞并除葉赫之外的所有女真部落，而且蒙古、漢人也多有歸附。麾下牛錄已有百倍于起兵之初的規模。
因此，努爾哈赤于該年又增設四旗，將原來的旗幟周圍鑲上其它顏色。黃、白、藍旗鑲紅邊，稱作鑲黃、鑲白、鑲藍旗；紅旗則鑲白邊，稱作鑲紅旗。
它們與原本的純色的正四旗合稱“八旗”，此后旗色再未有變化。
當時各旗尚由大汗與各旗主貝勒分別掌控。
在八旗成立之初，旗的名目上并無民族屬性之分。
在清太宗皇太極即位后的1629年（明朝崇禎二年，清天聰三年），才開始有蒙古二旗的記載。
從努爾哈赤建立后金天命元年到天聰八年，后金的兵制是典型兵民合一的八旗制度。
八旗初建時兵民合一，全民皆兵，凡滿洲成員皆隸于滿洲八旗之下。旗的組織具有軍事、行政和生產等多方面職能。
入關前，八旗兵丁平時從事生產勞動，戰時荷戈從征，軍械糧草自備，沒有軍餉規定。有典型的部落兵制的特點。
天聰四年皇太極說：“我國出則為兵，入則為民，耕戰二事，未嘗偏廢。”當時，興京（今遼寧新賓）內城居宗室勛戚，外城居宿衛親兵萬余。此外遠近十余萬戶，散處遼河東西，無事耕獵，有事征調，征調時所發行糧也很有限。
努爾哈赤于1615年完成滿八旗的全部編制。（即正黃、正白、正藍、正紅、鑲黃、鑲白、鑲藍、鑲紅八旗）。
八年改稱左翼兵和右翼兵。九年，后金在征服察哈爾蒙古后，對眾多的蒙古壯丁進行了一次大規模的編審，正式編為蒙古八旗，旗制與滿洲八旗同。漢軍單獨編為一旗，其制規定：每300人為1牛錄，設牛錄額真1人；5牛錄為1甲喇，設甲喇額真1人；5甲喇為1固山，設固山額真1人。
1615年，當時編有滿洲牛錄308個，蒙古牛錄76個，漢軍牛錄16個，共400個。此時所編設的八旗，即后來的滿洲八旗。
八旗的旗丁中按照身份地位，分為阿哈、披甲人、和旗丁三種。阿哈即奴隸，多是漢人、朝鮮人；披甲人是降人，民族不一，地位高于阿哈；旗丁是女真人。
披甲人又分馬甲（騎兵）和步甲（步兵）。