朱元璋親自設計、制定了幾項重要的政治制度，對以往政治制度進行了大膽的變革和創新。
洪武十三年，以宰相胡惟庸謀反伏誅，朱八八同學于是廢去丞相一職，子孫不得復立。
秦、漢以來實行一千六百馀年的丞相制度自此廢除，六部直接向皇帝負責，相權與君權合而為一。
明朝皇帝大權獨攬，在世界政治史上只有路易十四時期的朕即國家可以類比。
在世界政治史上明朝的政治體系也屬于罕見的**政體，施行軍權、行政權、監察權三權分立的國家體制，后期由于監察權被廢止，國體失衡很快衰敗。
由于國家事務繁多，皇帝無法處理，洪武十五年九月罷四輔官，仿宋殿閣制設內閣。其后的清朝也大多繼承明朝的政治制度。
內閣只為皇帝的顧問，相當于幕僚長的職務，但后來內閣的地位逐漸提高，內閣首輔成為事實上的宰相，“雖無宰相之名，但有宰相之實”。
奏章的批答為皇帝的專責。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝的意旨寫出，稱“傳旨當筆”，權力及地位遠遠不及過去的宰相，只有黑市地位，而沒有法定地位。
宣宗（朱瞻基）時期，由于楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批準內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱為“票擬”制度，又授予宦官機構司禮監“批朱”。票擬之法補救可君主不愿面見閣臣之弊，但內閣大臣與皇帝溝通，全賴司禮監。
由是開啟明朝宦官專政之大門。
為加強對全國臣民的監視，明太祖還設立特務機構錦衣衛，明成祖又設立東廠，明憲宗再設西廠，合稱“廠衛”，由宦官統領，自此明朝宦官之權勢無以復加。
文官集團的崛起和成熟，逐漸成為左右朝廷政策的強大力量，甚至皇帝本人在面對這種朝臣的壓力之時，也不能不有所顧忌。
到了弘治以后，情況就已經是明朝皇帝沒有辦法控制的了。
皇帝已經變成了權力的來源和象征，但他們做任何的事情都已經沒有辦法自由。
比如武宗南巡，權力意識大增的大臣們全體反對。
嘉靖的大禮儀事件、萬歷的國本之爭。
此時，明朝的皇帝們已經變成了退居幕后的國家最高統治者，但是行政權已經幾乎完全的落在了內閣和六部的手里。
以都察院御史和六科給事中組成的言官隊伍，這批人在本朝品位雖卑，但政治地位卻很高，在歷次政治運動中都發揮了關鍵的作用；他們上則規諫皇帝，左右言路，下則彈劾、糾察百司、百官，巡視、按察地方吏治等。
大凡從中央到地方各級衙門，從皇帝到百官，從國家大事到社會生活，都在言官的監察范圍，既威懾百官安分守道、各司其職，也要求皇帝本人的所作所為應該符合天道本身。
除了言官之外，翰林院、六部、內閣等官員也多次成為諍諫刺劾的主力軍。
1577年，張居正父親去世，按例應回鄉丁憂，然而在皇帝挽留下奪情留任；朝中其他大臣認為本朝以孝為大，張居正不應眷念職位。憤怒的官員決定參劾首輔大臣。先是兩位翰林，后是兩位刑部官員，冒著受到皇帝嚴厲處罰的風險，上奏參劾張居正。雖然四位官員果然受到杖刑，卻在朝內贏得了忠臣的好名聲。
這也不是皇帝昏庸和懶惰造成的，明朝中期的很多皇帝們都因為要權力和大臣們進行過殊死的斗爭，皇帝是權力的來源，他可以給人權力也可以剝奪權力，并且掌握人的生死，這是他唯一可以威脅大臣的地方。
但是偏偏明朝的大臣不怕死，而皇帝撤換了一個大臣，會有更多的大臣站出來維護這個集體的權力。
所以皇帝也苦于要不回自己作為統治者的行政權力，只能逐漸的退居深宮，做最高的決議人。而所謂廷議這種事情已經不太需要皇帝的參加了。
明朝皇帝個人的自由到最后已經是狹小到無以復加了。
甚至連立儲君這樣的事情也沒有自由。萬歷的國本之爭對比康熙隨心所欲的換太子，可知萬歷做皇帝的難處！
明末在各項制度上已經接近于早期歐洲的君主立憲，正如歐洲君主國家的儲君們被選擇出來需要經過內閣的批準。