形成時期長，而且始終沒有取得法定的地位，始終不是中央一級正式的行政機構。
從永樂開始，歷代皇帝都在不同程度上寄大政于內閣，皇帝“其不接見臣下而能統治天下者，以有閣臣票擬故耳”。但是，他們誰也不敢擔當違反祖制的罪名，誰也不愿從已經取得徹底勝利的皇權中，又拿出一部分給閣臣分享。所以內閣進展緩慢，而且始終未能成為中央一級正式的行政機構。
內閣與皇權矛盾重重，又始終屈服在皇權的重壓下。
閣臣與皇帝矛盾，除了反映為封還詔旨一類以外，很多反映為閣臣在中葉以后不斷提出辭職。
皇權與內閣矛盾，亦反映為明代閣臣善終者少，有政績的不多。
明代內閣權力不穩定，雖然有嚴嵩，張居正之顯赫，但他們也不過是一時之間乘皇帝靜攝而代行皇權。
一般閣臣來說，由于基本上都是文學侍從之臣出身，入閣后權力之大小，只決定于票擬被采用的情況，所以呈現為不穩定，沒有保障，沒有連續性。
與漢、唐、宋相比，明代輔相的業績并不顯著，這一方面固然與入閣前之資歷有關。
漢、唐、宋之宰相都要經歷郡邑，而明之閣臣卻基本上出于翰林院。他們沒有從政經驗，不知民間疾苦，對政事自然難以提出切實可行的措施。
但另一方面，則由于他們權力不穩定，被司禮監擠著，被皇權壓著，即使有抱負也難于施展。
顯然，這樣的內閣只能助長皇權，而不可監督、約束皇權。
有明一代，內閣始終未能成為對皇權的威脅，從這個角度來說，朱元璋廢丞相的目的是達到了。
內閣受制于司禮監，矛盾深刻，但又不得不走司禮監的路子。
在中樞系統中，內閣有票擬權，司禮監有批朱權，是內外相維的雙軌制。但雙方地位的特殊性使內閣難以與司禮監抗衡，雙方權力的大小，又是以皇帝的向背為轉移而互相成比，因此，他們之間不可能有真正的相維相濟，而只能有對權力的激烈爭奪。
皇帝寵信司禮時，司禮盡奪內閣權力，如劉瑾、魏忠賢時；否則就是權相出現，如嚴嵩、張居正時。
嚴嵩、張居正之顯赫，還得討好司禮監，就是明證。
綜觀有明一代，內閣對宦官之干政，雖亦起過一點制衡作用，如成化年間，由于閣臣一再堅持，汪直主持的西廠一度被撤。
但總的來說，內閣是越來越受制于司禮。內閣為司禮監扼制，以致明代成了宦官為禍最烈的朝代。
內閣不光與司禮監有矛盾關系，與六部的關系也不咋滴，經常互爭雄長，矛盾重重。
歷代及明初，六部均隸屬于丞相，凡事必須秉承宰相的意志，自撤中書省、提高六部品秩后，六部變成直接對皇帝負責，職權完整，而且在內閣之上。
但隨著內閣品位的提高，又有票擬權，內閣比六部更接近皇帝，部權便在不同時候、不同程度上為內閣所侵。
但是，內閣畢竟不同于中書省。從制度上說，六部不必聽命于內閣，而內閣則“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。
于是內閣借位尊勢崇而力圖控制六部，六部則鉆內閣沒有法定地位和權力的空子，力圖擺脫控制。
因而閣部經常爭權，尤其是爭奪人事權。