內閣與六部這種職權界限不清，工作上彼此失調，大大影響了明政府的行政效率。
在客觀上，則有利于司禮監的擅權亂政。
內閣中矛盾激烈。尤其嘉靖以后，閣臣間的傾軋突出由于閣臣的任用、權力大小、去留，均沒有明確規定，又由于首輔與次輔間權力懸殊，在天啟以前一直無明確的職責分工。
所以閣臣間爭奪權勢的斗爭激烈，尤其是“嘉靖以來之首輔，莫不由傾軋排擠而得之”，如嚴嵩拉攏科道彈劾翟鑾，使翟被“削籍為氓”。
嚴嵩與夏言互相排擠，致夏言被棄市。
在閣內的紛爭中，閣臣不但各自培植自己的勢力，致使明中葉以后的政治日益**。
從明代內閣制度的種種特點，可見內閣制度在當時并未能成為與君主**政體完全適應的輔政制度。
內閣地位的特殊又使它成了矛盾輻輳之所，各種矛盾的發展，無一不是加劇了政治的**。
明朝內閣制強化了君主**制度。
內閣制度隨著皇權的高度強化而建立，權利的來源，由君主所授予，對君權的制約作用有限。
事無大小，內閣都要秉承君主的旨意行事，遂成為君主加強**的工具，因此明代的君主**比前代尤甚，助長了君主**。
同時也形成了明代宦官的專權。
明代內閣因缺乏法定的地位和權力，只是政務的輔助機構，通過票擬、修旨來輔政，但大學士的票擬最終要通過皇帝的朱批，而明代的司禮監秉筆太監掌章奏文書，宣宗時大臣章奏除皇帝親批數本外，皆由司禮監秉筆太監參照內閣的票擬批紅。
宣宗以后，人主怠荒，深居內宮，不親政事，不見大臣，又把太監當作心腹委以重任，朱批便由秉筆太監處理。
司禮監便凌駕于內閣之上，內閣權力僅止于票擬。
無論皇帝親自掌權或者是假手于司禮監代批，大學士只能承旨辦事，由是司禮監便趁機竊柄專權。
明之閣臣即使有理想，有主張者，也必須先勾結宦官不可，否則一切政事都受到宦官阻梗，不能上達皇帝，如張居正為有明一代能臣，其任首輔時亦要密結司禮太監馮保，才能策動當時的政事。
至于閣臣之不肖者，更爭相諂媚逄迎宦官，助閹為虐，狼狽為奸，助長宦官的氣焰。
綜觀明代宦官為禍之烈，實與廢相后，內閣無實權，加上君主過于寵信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
這種三權分立的政治架構還容易演成朋黨傾軋。
明之內閣上受君主箝制，內受宦官操縱，閣臣之欲握權柄者，皆不免以不光明之手段得之。
一方面要交結內監；另一方面則又須傾軋同列之大學士，遂演成朋黨之禍。
即在明代內閣權任處于最高峰時，閣臣間為爭奪首輔地位，往往互相傾軋，愈演愈烈，甚至不惜朋黨臺諫，依傍宦官，世宗時之嚴嵩任首輔，威權不可一世，但卻為閣僚徐階所推翻。
張居正在萬歷元年出任首輔，也是因為內結司禮監馮保，逐高拱得來的。