順治元年五月，清軍入關，清朝攝政王多爾袞以書信召馮銓入朝，他接到書信就馬上趕到。
多爾袞賜以朝服衣帽及鞍馬、銀幣，命他仍以原銜，進入內三院佐理機務。事隔半月，馮銓等率文武群臣于武英殿向多爾袞上表稱賀。他同其他漢官一樣，揣測執政者的心意，來迎合多爾袞。
順治二年六月三日，多爾袞命撫按查明并贍養明代諸王的遺腹子，馮銓等趕忙叩頭謝恩，多爾袞說他們不忘舊主，馮銓答曰：“一心可以效忠兩位君主，但是對一位君主不能二心啊！”
以明其仕清忠心不二。同年閏六月十二日，馮銓回奏多爾袞論明末黨爭時說：“諸位大臣的所作所為都瞞不過王爺您啊！”
多爾袞對此深表滿意。這一年，授馮銓內翰林弘文院大學士。
七月，他遭到御史吳達彈劾，引發一場政斗風波。
順治六年，加少傅兼太子太傅。
順治七年十二月，多爾袞死后，清初統治階級內部的政治氣候突變。順治帝親政后，滿洲貴族的反多爾袞勢力執掌朝政。
順治八年二月，清朝開始審定中央各部漢官，有的被嚴加懲處，有的則繼續供職。這次“甄別”中，第一個被順治帝點到者就是馮銓。順治帝列舉其被吳達等疏參之罪及其七年內之所為，嚴斥他“殊失大臣之體”，“著令致仕”。
順治十年三月二十一日，順治帝以“馮銓原無顯過，且博洽故典，諳練政事，朕方求賢圖治，特命起用，以觀自新“為由，下諭命吏部通知馮銓迅速赴京。三月二十七日，順治帝親臨內院召見馮銓，對他很表關切之意。當天傍晚，馮銓等大學士奉召入宮，談到翰林官賢否時，順治帝認為只要他親加考核，文之優劣畢見，即可定其高下。當時陳名夏也在場，而馮銓卻別有心計奏曰：“皇上簡拔任用賢才之人，不應該僅僅去看他的文章。南人漢官大多文章寫的好但是做事不行，滿人文章寫的不行但是做事效率高。如今科舉考試也不能只看文章好就錄用了，文章行事都好，才可以任用。”
貶抑南人漢官，正是馮銓真意。而此前被劾之陳名夏、陳之遴均隸籍江浙。順治帝當即表示贊成馮銓的意見。翌日，馮銓官復原職，任弘文院大學士。這說明馮銓于罷職期間清楚朝廷內部情況。此后，南人漢官屢遭打擊，多與馮銓有關。
順治十二年，加少師兼太子太師。馮銓與大學士洪承疇曾疏請恢復明朝票擬舊制，又與大學士謝升等議定郊社、宗廟樂章。他屢次受諸言官彈劾，期間曾罷官，后復出。
順治十三年，馮銓以年老加太保致仕，但仍留在清廷以備顧問，其后經奏請皇帝批準回到原籍。
順治十六年，改內三院為內閣，清廷命其以原銜兼中和殿大學士。
康熙十一年十一月初二日，馮銓卒于家中，享年七十八歲。
康熙十二年正月，賜謚文敏。乾隆朝將其列入《貳臣傳》乙編，并追奪其謚。
馮銓少年得志，入仕翰林，而且容貌俊美，與繆昌期為首的很多詞臣發生了男和男的關系。