在北意奪取了巨大勝利后，拿破侖的威信也越來越高，使他成為了法蘭西共和國的人民英雄。而他的崛起卻令巴黎督政府感覺受到了威脅，他被任命為法蘭西共和國阿拉伯—印度方面軍（東方軍）的司令，被派往中東，以抑制英國在該地區勢力的擴張并試圖控制蘇伊士運河與前往亞洲的海路。
在拿破侖的遠征軍中，除了2000門大炮之外，還帶領了175名各行各業的學者，以及上百箱的書籍和研究設備。
在遠征途中，拿破侖曾下達過一條著名的指令：“讓馱行李的驢子和學者走在隊伍的中間。”。
1798年拿破侖遠征埃及并占領亞歷山大，面對驍勇善戰的馬穆魯克，拿破侖展現出了非凡的軍事才能和卓越軍事素養。
7月，在吉薩金字塔的陰影下，“士兵們！四十個世紀在金字塔上看著你們！”，通過金字塔戰役震撼的戰果一舉掃清了通往開羅的障礙，并使其在馬穆魯克和奧斯曼人間獲得恐怖名號。
雖然他指揮法軍在陸地上奪取了全盤勝利，但法國艦隊在8月的阿布基爾海戰中被英海軍將領霍拉肖·納爾遜摧毀，陸上部隊被困在埃及。
拿破侖進軍敘利亞，多次擊退土耳其軍隊，但遭遇了瘟疫、酷暑和補給等困難。最后受阻于久攻不克的阿克爾城。
5月17日返回埃及，在阿布基爾圍殲土耳其軍隊。
拿破侖至死仍對沒能攻克阿克爾城堡一事感到遺憾，他在圣赫勒拿島的回憶錄中說：“如果阿克爾城堡早日陷落，當改變世界面目”。
拿破侖遠征之時，歐洲的反法聯盟已逐步形成，而法蘭西共和國國內的保王黨勢力也在逐步增強。
1799年8月，拿破侖決定立刻秘密趕回巴黎。
在危險的地中海回航中，拿破侖機智的避開了英國皇家海軍的巡邏艦隊，兩個月后成功登陸。
1799年10月，回到了法國的拿破侖被當成“救星”來歡迎。11月9日，獲得眾人擁戴和支持的拿破侖發動了霧月政變，獲得成功，結束了大革命以來各種恐怖局面輪番交替的形勢，成為了法蘭西第一共和國執政官。
拿破侖隨后進行了多項軍政、教育、司法、行政、立法、經濟等方面的重大改革，其中最著名，并直到兩個世紀后依然還有深遠影響的是頒布了《拿破侖法典》，由拿破侖下令起草、制定的，許多條款都由拿破侖本人親自參與討論，并最終頒布。
法典對德國、西班牙、瑞士等西方資本主義國家的立法起到了重大的影響。
在政變結束之后的第三周，拿破侖向人民鄭重發布公告，他自豪地宣稱：“公民們，大革命已經回到了它當初藉以發端的初衷，大革命已經結束。”此外，拿破侖還制定了保留至今的國民教育制度，以及榮譽軍團制度。
1800年6月，擔任第一執政的拿破侖親自領軍，越過阿爾卑斯山，戰勝意大利
獲得了著名的馬倫哥戰役大捷。
馬倫哥戰役是拿破侖執政后指揮的第一個重要戰役。
這次戰役的勝利成為了典范，對于鞏固法國脆弱的資產階級政權，對于加強拿破侖的統治地位都有著重要的意義。
1802年3月27日，法國與英國在法國亞眠簽訂《亞眠條約》，英法暫時休戰，第二次反法聯盟即破產。
拿破侖修改共和八年憲法為拿破侖憲法，改為終身執政。5月，英法合約撕毀，英國對法宣戰。