埃及成立了埃及長老會。提出未經長老會的許可不得征收賦稅，奧斯曼軍隊滾出開羅。
胡爾西帕夏自然難以接受，于是調集軍隊試圖鎮壓起義。
埃及人在城市中筑起街壘，雙方僵持了數天。長老會突然宣布罷黜胡爾西帕夏，擁立阿里為總督。胡爾西調回的救兵頃刻之間成了自己的催命符。
阿里的軍隊如英雄凱旋般進入了城市，他在廣場上宣布“奉公守法，絕不橫征暴斂，尊重長老會。如違此誓，人神共誅。”
胡爾西一面固守山上的城堡，一面求蘇丹繼續派兵增援埃及。但是起義很快從開羅發展到埃及各地，起義軍人數飛速增加，多次擊退奧斯曼人的進攻。
然而阿里還有殺手锏，他派人帶重金去伊斯坦波爾到處賄賂奧斯曼高管。最終奧斯曼蘇丹決定上承天意，下順民心，封阿里為埃及總督。自此埃及和塞爾維亞公國一樣，在實際上獲得了獨立。
然而讓阿里摘了桃子的英法是不可能，善罷甘休的。埃勒菲和巴蒂爾兩大馬穆魯克的殘余勢力，都得到了外國勢力的支持。
埃勒菲更是法尤姆聚集了數千士兵，巴蒂爾也組織了地方武裝。在英國人的支持下埃勒菲重返埃及中心地帶。并且英國人說服蘇丹廢除阿里，任命埃勒菲為總督，每年向蘇丹納貢8000英鎊。
蘇丹對于兩面三刀的阿里同樣沒有好感，下令廢黜阿里，任命埃勒菲，并且派出了一支三千人的軍隊配合埃勒菲。此時的埃勒菲已經有7000部隊，其中600名騎兵。
阿里知道自己是不可能戰勝英國和蘇丹聯手的，所以他假意接受蘇丹的命令。同時積極備戰，一方面讓長老會聯名上書求情。一方面玩弄權術迎回了巴蒂爾派并且告訴巴蒂爾自己是被逼迫的，埃勒菲才是他們共同的敵人。
巴蒂爾派與埃勒菲派本就不和，同時英法矛盾上升雙方互不相讓，內斗之后實力大減。
阿里還有最后的絕招，那就是繼續行賄。可能連阿里本人都沒想到，他派去行賄的使者在伊斯坦波爾受到了熱烈歡迎，各路高官紛紛表示愿意幫忙。奧斯曼官員的腐敗，遠遠超過蘇丹的想象。
大量的奧斯曼官員接受賄賂為阿里求情，甚至克扣遠征軍的補給致使奧斯曼人兵無戰心。
阿里在國內調兵遣將準備與埃勒菲一決雌雄。可是他手下的阿爾巴尼亞軍團，早就不是當初那只能同法國人作戰的勇猛之師了。
阿里本人醉心權術，軍隊也習慣了這種日子，缺乏訓練貪生怕死，結果就是面對埃勒菲的軍隊一觸即潰。
關鍵時刻，是胡達爾的民兵擋住了埃勒菲的進攻。埃勒菲圍困胡達爾城兩個多月都沒有將它拿下，給了阿里的軍團喘息之機。重整旗鼓的阿爾巴尼亞軍團從后方進攻埃勒菲解了胡達爾之圍。
胡達爾之戰，讓埃勒菲名譽掃地。同時阿里的計劃取得了極大的成功。在金錢的誘惑下，奧斯曼蘇丹改變了主意，決定讓阿里繼續擔任總督，但是每年要納貢三萬英鎊，并且要將他的長子送到伊斯坦布爾做人質。
埃勒菲在資金耗盡之后，不得不解散自己的部隊獨自逃亡。巴蒂爾也在和埃勒菲爭斗的過程中損失慘重，無力再與阿里爭奪埃及的控制權。