他們得到錢之后，并沒有改良農業興修水利，而是單純的購買土地和外國奢侈品。最終導致埃及千年的水利灌溉工程，變成了泛濫的洪災。
養育了古埃及文明的尼羅河三角洲，只剩下一半多一點還能耕種。農產品的產量更是只有古代的四分之一。糧食匱乏，瘟疫不斷。
奧斯曼人和馬穆魯克貴族的根本不在乎埃及人的死活，他們只想錢和糧食而已。
手工業的遭遇也差不多。奧斯曼貴族和馬穆魯克們巧立名目，對所有行業都苛以重稅，甚至直接栽贓嫁禍，抄家滅門。
但隨著奧斯曼帝國的衰落，商人的地位提高商業不斷發展，最終也誕生了早期的手工工場。只不過規模有限，并沒有形成足夠改變國家的新階級。
對于阿里來說馬穆魯克的勢力并未被完全消滅，英法都對埃及虎視眈眈，奧斯曼更是以埃及的宗主國自居。
阿里上臺的第一時間就廢除了包稅制度。但是經歷了拿破侖戰爭，之后又是數年的獨立戰爭，農田荒蕪，河道淤塞，經濟落后，民不聊生。僅僅是廢除保稅制還不夠，他開始從過去的盟友和敵對的馬穆魯克手中奪取土地。
先是利用嚴刑峻法和軍事行動，削弱宗教和馬穆魯克的力量。他假意和馬穆魯克和談，以閱兵為名邀請馬穆魯克上層人物參加。
這些馬穆魯克為了顯示自己的力量帶了大量的儀仗和衛隊前來赴會。
在閱兵儀式上，毫無防備的馬穆魯克在走過一段兩邊是石磊高墻，前面是下坡石階的道路時阿里一聲令下，早就埋伏好的阿爾巴尼亞軍團將無數巨石推下墻頭。巨石在狹窄的通道內滾動，滾下石階時帶過一條條觸目驚心的血跡。
然而馬穆魯克們還沒有從巨石翻滾的驚魂中回過來，前后都出現了阿里的士兵。士兵們向著狹窄的通道內一齊射擊，沒有掩體的馬穆魯克們無法抵抗前、后、上三個方向的攻擊。
殘存的馬穆魯克只能，不計代價的向外突圍。據說有一位馬穆魯克成功突圍，把消息帶給了其他馬穆魯克。但是阿里并沒有給他們繼續茍延殘喘的機會，直接下令在全國范圍內捕殺馬穆魯克成員。
經過一年的血腥鎮壓，馬穆魯克終于徹底退出歷史舞臺。
阿里在獲得了馬穆魯克的土地后，采取了輕徭薄賦，興修水利，鼓勵農耕的政策，還用手中的土地分給他的親信，讓他們成為這個國家的新貴族。阿里本人一躍成為了埃及最大的地主。
阿里清楚自己和西方的差距，發展農業的同時也重視工業發展。他先后投資建設了紡織場、制糖場、造紙廠。制革廠、染料廠等一共二十九家民用工廠，工人人數達到三萬。
軍人出身的他，特別重視軍工工業，效仿建立了槍炮工廠、火藥工廠和造船廠。這些工廠都牢牢控制在阿里手中，聘請英法專家作為顧問。
他還建立了部分商品國家壟斷專營制度，增加了稅收。他還出資建立大學和醫院，向歐洲派出留學生，其中絕大多數去了法國。
鑒于阿爾巴尼亞軍團在剿滅馬穆魯克時的糟糕表現，他決定編練新軍。并且廢除了雇傭兵役制，實行征兵制，還計劃建立一支強大的海軍以對抗英法。