接下來的數日，始皇帝除開早朝之外就幾乎全部都泡在紫宸殿仔細研讀陳旭的奏書，一個字一個字的看，偶爾還會召集三省六部的官員前來商討，針對軍制改革中涉及到的各種問題咨詢商討實施的可行性，而每次奏對之后，不僅始皇帝會得到滿意的結果，三省六部的官員也都對清河侯奏書中提到的大部分實施方案表示完全贊同。
至于有爭議的地方主要還是陳旭提出的新《軍爵法案》中的部分內容。
這次的改革章程其實陳旭早已完成，大部分內容也都和蒙毅商討過，因此在蒙恬奏請軍制改革中已經提到過很多，只是沒有像陳旭講的這么清晰明白而已，而這也是雙方心照不宣的做法，有蒙氏打頭陣撕開軍制改革的缺口，然后陳旭去具體完成實施，各取所需而已。
因此上次蒙恬在朝堂之上提請修改二十級軍功授爵制度，改用一種綜合入伍時間、訓練水平、比武成績、兵法知識和戰場軍功等各方面考評的軍功制度，陳旭的奏書還是沿用了這一說法，但建議全面廢止目前復雜的二十級軍爵，改用后世軍隊的十二級軍銜制度。
地方尉卒采用義務兵役制進行遴選入伍，入伍兩年，參軍之后參加嚴格的軍事訓練，平日在地方負責安全事務，義務兵沒有軍銜，兩年后可以選擇退役，也可以自愿或者由地方尉官推薦加入國防軍，參加國防軍之后稱之為列兵，享最低的士兵津貼，然后按照軍功考評授予下士、中士、上士、少尉、中尉、上尉、少校直至大將的軍銜，各自享受不同的軍爵待遇，而陳旭的軍爵改革完全廢除了分封糧田房產食邑等待遇，全部采用工資結算，用貨幣化方案完全取代以往的勛爵授田制度。
這個處置方式是三省六部的官員爭議最大的地方。
一旦采用這種全貨幣工資法案，其實國防軍就和大秦所有的官員一樣開始領薪俸，按照陳旭的軍制改革，除開地方尉卒和駐留嶺南的大軍暫時不需要領工資之外，駐守關中的四營將士和防備京師的兩萬禁軍，還有西北兩路大軍共計二十萬大軍，每年光是薪俸開支都要八千余萬錢，這筆錢雖然朝廷眼下拿得出來，但絕對要在別的地方克扣才行，而大秦最不缺的依然是土地，人均面積可以用里來計算，因此財政署和戶部官員一致反對陳旭這個改革方法，提請始皇帝依舊采用舊式的軍爵封賞制度，采用房田賞賜外加部分錢財的模式，始皇帝考慮再三之后還是同意暫時采用這個方案。
之所以是暫時采用，始皇帝覺得陳旭明知大秦眼下土地充足的情況下強行推行工資制度肯定是有原因的，不然也不會這樣去做，因此他要等到陳旭回京師之后細聽分說。
除開軍爵之外，爭議最大的還有《勛爵法案》。
在陳旭的提請的奏書當中，軍政幾乎完全分開，這個也早有苗頭，所有官員其實也都很激動這樣一種變化，不然當文官一輩子都掙不到軍功，許多官員只有品級而無勛爵，就只能領取官秩而得不到任何田產房產的賞賜，一旦分開之后，文官通過努力也能得到賞爵，因此陳旭的這個改革幾乎受到了所有官員的熱烈贊成。
這個勛爵法案就是另一個授爵系統，獨立于軍爵之外，針對的不光是文武官員，還針對平民和商賈甚至奴隸，凡是為國立下重大功勞的人都能得到勛爵，而且這個勛爵采用的還是商周公侯伯子男五級諸侯之爵位名稱。
雖然陳旭在勛爵法案中明確表示這五級勛爵只是名義上的封爵，只是一種尊稱，只能按照爵位分封一定的糧田房產和少量食邑，只得其貴而不得其勢，但三省六部的官員依舊吵嚷不休，認為把商賈甚至奴隸都納入這個體系是對于士族和官員的一種侮辱。
爵不爵位不重要，重要的是不能自降身份，一想到將來可能自己就要和一個賤奴平起平坐享受貴族待遇，所有的官員頓時覺得渾身上下都不好了。
“奴隸如何？我大秦從未歧視過奴隸，有功當賞，有罪當罰，我大秦當初開阡陌廢井田，所有平民幾乎都起于奴隸，焉何現在就不行？就連軍功也不禁絕奴隸封賞勛爵，諸位愛卿因何如此反對？”
在始皇帝質問和反駁下，所有官員皆都語塞。