皇帝支持，就爭不過東林黨的原因。
楊漣等人被逮捕，向東林黨開戰的第一槍已經打響了。錦衣衛和東廠奔赴各省，迅速將楊漣等人的家人全部逮捕，并查抄了資產。
一番查抄下來，資產查抄了將近十萬兩白銀，各種來歷不明的資產，楊漣這些家伙，底子全都不干凈，否則靠那點俸祿怎么過日子啊？
朱由校隨即讓人在皇家軍工廠邊上建了一個新監獄，然后將楊漣這些罪臣送入監獄，進行‘勞動改造’，也包括他們的家人，一律打上刺青，穿上囚服，每天在看管之下，到皇家軍工廠做苦力活。
監獄暫時還比較簡陋，不過已經在大興土木了，用不了多久一個設施完備的新監獄就能建設出來。
朱由校親自前往監獄巡視了一次，圣斗士楊漣一看到朱由校，馬上指著鼻子大罵：“昏君，昏君啊！”
“哈哈！”朱由校暢快的大笑一聲，對楊漣問道：“愛卿，你是不是很氣啊？”
聽到朱由校這句話，楊漣差點氣得吐血。自從被逮捕之后，他們先是被關押在了東廠大牢內，然而東廠特務對他們根本就是審都不審，讓他們連辯駁的機會都沒有。很快一群家小也進來作伴了，讓楊漣等人大吃一驚。
不僅自家的進來了，連他們的兄弟家小都被抓了進來。
這些親屬見到楊漣等人，不是哭得昏天地暗，就是大罵他們得罪了皇帝，以至于連累親族。
最慘的當屬左光斗，他的一個叔伯侄子被抓進來后，當場和左光斗撕逼，把左光斗摁在地上胖揍了一頓，被打得鼻青臉腫的左光斗，身體倒是無恙。朱由校見到左光斗鼻青臉腫的模樣，隨即吩咐道：“來人，去請個御醫來給他看看，再給他安排個獨立牢房，別被打死了。”
“陛下真是宅心仁厚啊！”李進忠拍了個馬屁。
朱由校巡視了一圈，又把監獄看管制度修改了一番。這些罪臣的家小，上了年紀的就好好養著，不用參與勞動。其他的貶為官奴，安排去做苦力，從他們身上壓榨人口紅利，制度上一定程度參考了宋代的模式。
楊漣等人的家屬遭到連坐，也引起了朝中巨大的議論。很快奏章就如同雨點一般送到了司禮監。
自從王安被朱由校查抄問罪之后，朱由校從內書堂提拔了兩個文采不錯的太監，一個當司禮監掌印，一個當司禮監秉筆。李進忠則專心負責東廠事務。
此時的司禮監，基本上已經沒有什么權力了，僅限于幫皇帝處理奏折、草擬圣旨之類的。對宮內已經失去了管理權，同時也不再管理皇莊、皇店。雖然看上去處理奏折、草擬圣旨權力很大，實際上并沒有什么權力。
畢竟兩個沒有其他權力的太監，又沒人事管理權，也沒有軍權。他們的權力是完全依附于皇權的，朱由校隨時能夠把他們解雇，基本上就是相當于兩個秘書。
“皇上，這上百道奏章，都是反對連坐的。”司禮監掌印太監叫李朝慶，是個四十多歲的太監，性格十分穩重。擔任司禮監掌印之后，每天都會在司禮監將奏章分類，然后送到皇帝面前。
“全部扔了吧！”朱由校揮了揮手，對于這樣的奏章朱
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由校根本懶得看，連坐制遭到群臣反對這自然是極為正常的。現在的大明，有幾個官員底子干凈的？
楊漣等人被逮捕下獄，東林黨一群人開始謀劃如何營救的問題。見個人上奏不見效，于是東林黨開始上躥下跳，又給皇帝上了一道聯名奏章。