劉協的母親王美人，名王榮（后來追謚為“靈懷皇后”），是前五官中郎將王苞的孫女、王章之女，出身于名門世家，舉止文雅，再加上容貌姣好，身材勻稱，深得漢靈帝劉宏的寵愛。當時主宰靈帝后宮的是何皇后，出身于屠夫之家，靠賄賂宦官被選入宮并當了皇后，對王美人非常嫉妒。
因此當王美人懷著劉協時，怕招惹何皇后更深的嫉妒，就沒有告訴靈帝，而是偷偷地墮胎。但服墮胎藥沒有奏效，孩子還是生了下來。何皇后果然妒性大發，怕王美人有了兒子會進一步威脅到她的地位，指使人將毒藥偷偷地放在王美人產后服用的湯藥里，王美人飲后當即身亡。靈帝聞訊，親往后宮驗視，見王美人四肢青黑，知是中毒而亡，急令追查兇手，很快查出是何皇后所為。
靈帝不禁勃然大怒，意欲立即將何皇后廢黜。何皇后事先己用巨金買通受靈帝信任的宦官曹節等人，宦官們一齊跪下，為何皇后求情，靈帝居然赦免了何皇后。劉協這時尚未足月，靈帝怕將劉協留在后宮再遭到暗害，于是將他抱到永樂宮，請董太后撫養。自此，劉協就依董氏為外家。
靈帝晚年，面臨著選擇太子問題。何皇后生有皇子劉辯，從小寄養在民間一位姓史的道人家里。
劉辯比劉協年長，而且是皇后所生，論理太子位置非其莫屬。但是劉辯舉止輕浮，沒有國君應有的威嚴氣質。劉協自小在永樂宮長大，由董太后悉心撫養，舉止端莊，深得靈帝喜愛。再加上其母王美人死于非命，靈帝難免有隱惻之心，因此他心下傾向于立劉協為太子。然而這又有違于立嗣以嫡長為先的皇室傳統，所以遲遲下不了決心。
中平六年（189年），靈帝病重，遺詔將劉協托付給宦官上軍校尉蹇碩。四月，靈帝去世，立劉辯為帝，是為少帝。何皇后也改稱為何太后，臨朝處理政務，但國家大權實際上已為何進掌握。劉協封為渤海王，后改封陳留王。
靈帝死后，內宮宦官和朝中重臣展開了爭權奪利的斗爭。先是何進捕殺蹇碩，接著是宦官張讓、段珪等殺死何進，司隸校尉袁紹、虎賁中郎將袁術和何進的部將帶兵反攻，一下子又殺宦官兩千人。
張讓、段珪等無力還擊，劫持劉協和少帝劉辯逃出宮外，正倉皇間，迎面遇上董卓率領的三千隴西鐵騎奔騰而來。小皇帝劉辯見到這樣的情形，嚇得渾身哆哆嗦嗦，雙腿戰栗，口不能言。
小皇帝劉辨手下的內侍太監和一眾文官也都沒人敢出口大氣，只怕稍有閃失，便惹來殺身之禍。尚書盧植率軍追到后，殺死張讓、段珪，又把少帝和劉協迎回宮內。
董卓自認為和收養劉協的董太后同族，加上劉協本身比劉辯有才能，于是從這時起，董卓就想廢少帝，另立劉協為皇帝。
回到京城后，董卓的軍隊完全控制了局勢。于是董卓逼著少帝策免了司空劉弘，自己身居其位。接著，董卓又以司空的身份召集百官開會，議改立陳留王劉協為皇帝。百官們大驚失色，但懾于董卓的淫威，誰也不敢表示反對。