在蚩尤的帶領下，尤其是一些巫族強者的加入，令九黎大軍戰力強大，所向披靡，幾乎不可抵擋..
得知九黎起兵，已是接連攻破收服了不少人族部落，軒轅大怒，遂親自領兵出征。九黎雖強，但他背后也有廣成子，還有玉鼎、慈航、清虛等幾位師伯，甚至有修羅一脈這個大靠山，豈會怕了早已衰落的巫族呢？
軒轅與蚩尤戰于逐鹿，九黎大軍兇悍，因有巫族血統，力大無窮，多有能生撕虎豹的勇士，軒轅的軍隊雖然精銳，一開始也是連連受挫落敗，以至損兵折將。
軍隊不如人家精銳，這可怎么辦？廣成子他們雖修為高深，總不能直接出手去屠戮九黎大軍啊！
正躊躇無奈時，玉帝派西王母弟子九天玄女下凡，傳授了軒轅兵書戰陣之術，其中包含了訓練天兵之法。軒轅研究之后，重新訓練軍隊，很快便是讓麾下大軍戰力提升，借助戰陣和兵器之利，總算是勉強能夠對抗得了九黎大軍。
多番交戰后，見奈何不了軒轅的蚩尤，遂下令擺下玄陰大陣，此陣法陰毒玄妙，乃是巫族傳承下令。蚩尤又有風伯雨師兩位大巫相助，頓時讓軒轅頭疼不已。廣成子等，以及九天玄女，也都奈何不了那玄陰大陣。
好在后來修羅一脈最擅長陣法一道的云霄仙子前來，探出了玄陰大陣的門道，指點廣成子等人破陣，大敗九黎大軍。
玄陰大陣被破后，廣成子等大戰蚩尤和風伯雨師，哪怕三人盡皆都是大巫，面對有著厲害靈寶在手的廣成子等人，也沒能占得了什么便宜，甚至還吃了些虧，關鍵時刻九鳳現身將蚩尤他們救走。
血海修羅殿中，看著面前懸浮的煞氣逼人的屠巫劍，目光閃爍的修羅老祖突然有所感應，抬頭看著在殿內身影凝聚浮現的后土娘娘，不禁挑眉有些意外道：“難得啊！后土娘娘今日怎么有暇來我這兒啊？”
“屠巫劍？”看到修羅老祖面前懸浮的那柄散發著濃郁煞氣和凌厲氣息的屠巫劍，秀眉微蹙的后土娘娘，不由目中閃過了一抹傷痛復雜之色：“我此來，乃是為了求老祖，讓我巫族保留一些元氣吧！”
修羅老祖聽了卻是不置可否：“娘娘，你此話不該來對我說的。非是我要對付巫族，而是巫族不甘寂寞，欲要阻止人皇歸位，逆天而行，終究會落得個慘淡下場的。”
“不過娘娘放心，此番我只為軒轅證道，至于巫族，既已漸漸和人族融合，人族是不會將其趕盡殺絕的，”修羅老祖轉而又道：“后羿身為巫族大巫，消失得悄無聲息，娘娘莫非以為我不知道他去了何處？還有刑天，他真的死了嗎？娘娘為了巫族，也真是費盡心思啊！”
聞言神色變幻，目中閃過了一絲復雜之色的后土娘娘，則道：“希望老祖記住今日對我的承諾。”
待得后土娘娘說完身影消散離去，伸手輕拂過屠巫劍使得劍上煞氣內斂的修羅老祖，這才將真武喊來，吩咐他將屠巫劍送去逐鹿，交到軒轅的手中。
另一邊，蚩尤可不是輕易服輸的人，逃走之后，很快便是召集九黎大軍再次殺了回來。這次，他沒有和軒轅硬拼，而是讓風伯雨師操控風雨，欲要借助自然之力征服軒轅的軍隊。
九天玄女隨即召來天上的女魃讓風消雨止，又讓應龍蓄水淹沒蚩尤大軍，再次打敗蚩尤..
蚩尤帥九黎大軍敗逃，軒轅帥軍追擊，沒想到九鳳和雨師聯手做法，弄出了大霧..