軒轅大軍陷入了迷霧之中，幸好軒轅麾下的能人風后在北斗七星的啟示下，發明了指南車，才沖出大霧。
而后清虛以混元幡帶軒轅麾下的大軍趕上并攔住了九黎大軍，一場大戰，最終九黎慘敗，風伯、雨師雖在九鳳的協助下受傷逃脫，但蚩尤卻是被廣成子等人困住，最終被生擒，死在了軒轅手中的屠巫劍之下。
平定了九黎部落之亂，人族經過此次大戰，終于一統，結束了部落聯盟時代，軒轅劃野分疆，重定國都，以冀州為天下中心，設官司職，制禮興樂，教化百姓。
同時這一時期還發明了各種器具用物，方便了日用。其中，大臣曹胡發明了上衣，伯余造了下衣，於則做了鞋子，百姓們從此不再傳獸皮樹皮。軒轅還依浮葉飄于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟楫使之行于水上。又根據轉蓬的道理發明了車輔，便利了交通。制作釜灶，使得百姓可以蒸飯煮粥，造了屋舍，筑城邑..
軒轅又與岐伯作內外徑，使百姓疾患治療有理可依，還確定了天下萬物的名稱，劃分星度為二十八宿，以甲乙十天干紀日，以子午十二時辰來紀月，以六旬為一甲子。
在政治，農業等方面，軒轅也是提出了很多創造性的想法和舉措，其正妃嫘祖發明了養蠶，次妃嫫祖發明了纏絲的紡輪和織絲的織機。
完成了人族各方面的革新創造后，軒轅又開始巡視天下，封禪泰山..
巡視天下后，想自己該做的都已經做完了，便想求長生之術，遂向廣成子和玄女詢問修道養生之法..
數十年后，人族的生活越來越好，手中也都有了一些剩余物品，還是以物易物的方式來換取自己需要的物品，可物品之間的差價卻是成了人族交換的阻礙。
適逢神農氏之女女娃隨孔宣修行有成，更得修羅老祖寵愛，賜予量天尺和落寶金錢這兩件先天靈寶。女娃來到人族游歷，擺放軒轅之時，見到她這兩件先天靈寶特殊的軒轅，心中一動，頓時想到了解決人族交易問題的方法，那就是發明尺寸度量衡，以及交易所用的金錢。
自此，人族愈發興盛，商貿也是繁榮起來，軒轅的威望也越來越高，有感自己將功德圓滿，欲要尋找能夠繼承自己共主之位的大賢時，卻一直找不到何時的，最終只好將共主之位傳于自己的孫子高陽氏，也就是五帝之一的顓頊了。
另外值得一提的是，黃帝時期，左史官倉頡造字，讓人族有了文字傳承，功德無量，堪稱大賢。若非倉頡沒什么治理政務之能，軒轅都有心要將共主之位傳于他了。
不過，倉頡雙瞳四眼，天生奇象睿智，也是蒙清虛看中收為弟子。而清虛也是因收此大賢門人，得玉帝冊封為清虛道德真君。
軒轅治世，功德圓滿，人皇歸位，得到的功德比神農氏還多，雖說軒轅獨得七成，但廣成子等人也得了不少功德，甚至女娃連同其手中的兩件先天靈寶都得到了些功德。軒轅手中的屠巫劍，同樣得到功德化為后天功德至寶，也成為了人族至寶軒轅劍。
廣成子得到的功德，卻是被其將大半都打入了番天印中，使得番天印成了后天功德靈寶，威力大增，且殺人不沾因果。