不過金軍頻繁南下，使得趙構的恢復舊制的設想并沒有完全成功，不得不在前沿設置數個軍鎮據守，并以文官領兵，并將這種體制延續到宋末，終于在呂氏集團降敵后再次崩潰，導致整個荊湖防線失守，進而丟掉了整個江南亡了國。到了趙昺這里，可以說大宋新舊軍制皆已失效，雖然恢復了殿前禁軍和侍衛親軍的番號，可也是面目全非亟待重建。
選擇何種方式比較合適，當下朝中也有爭論，不過在這彈丸之地上根本沒有前線和后方之分，哪種方式都是妄談。不過那也不能說問題不存在，一旦發起復國之役，不會選擇一個作戰方向，尤其是在收復部分地盤后也要分兵駐守，從而就有可能形成新的軍閥割據現象，但這也是當下最合理和有效的作戰方式。
不過這么做同樣會引起朝廷內部的爭執，文天祥在行朝初立之時曾前往劍南開府獨當一面，當他打出一片天地的時候，其實就已經埋下日后數次被拒回朝的禍根。其在劍南積蓄了力量，搞得聲勢浩大，樹立了威望，朝中的人就開始猜忌文天祥另有圖謀，擔心其歸朝后篡權把持朝政，最后終于把他推上了絕路。所以趙昺覺著以這種方式重建軍制反對的聲音會很大，且后期收拾起來也十分麻煩，說不得也會重現斬殺功臣的一幕。
基于現實和作戰的需要，趙昺覺得干脆將團團伙伙全部打散，什么殿前禁軍、侍衛親軍整個指揮系統全部撤銷，將全軍編成相當于現在的軍或師為基礎的獨立單位。平時各自管理，各兵種進行訓練，同時加強協同訓練，并由樞密院組織各軍聯合演練。戰時則根據任務的需要抽調各軍、師編成集團軍或是兵團，由朝廷選派將領指揮作戰，與現代的模塊化編組相似。如果成功，則以后組建戰區也就順理成章。
一個部隊總要有它的行政管理系統，可是這個系統如果又要管行政，又要管作戰，恐怕是忙不過來的。過去帥府即是行政管理的中樞，也是府軍的最高指揮機構，從而形成了以軍隊為主體，其它機構輔助的結構，此后也不免將這種軍隊辦社會的作風帶進了各軍之中。其實朝廷所屬各軍也好不到哪里去，都需要自己招兵買馬，募集糧餉，承擔起朝廷應該做的事情。
如此便形成了軍隊大而全的局面，一個軍事主官要承擔著從吃、住、行到訓練、管理和作戰等各類工作。趙昺當初手下只有一幫殘兵敗將，老弱病殘，力量一旦分散便無法生存，所以必須集中力量、統一調度，那也是無奈之舉。但行朝遷瓊后，最大的改變就是管理部門健全，職能部門得到充實，具體事務都有人管了。現在完全具備將軍隊的日常管理等職能剝離出去的條件。
如此今后就可以進行職能分工，突出指揮機構的作戰功能；各軍也能從從只注重本單位和本部門局部利益向著增強全局觀念，全軍和戰場“一盤棋”轉變；改變業已形成的軍隊各單位部門相對封閉式的軍隊建設管理，轉向開放式的分工協作和各司其責；同時把過去的軍隊單打一、辦社會，向著軍民融合的社會化保障轉變。軍隊就不必像辦社會一樣，什么都辦，還有一些軍隊的設施機構、非戰斗人員的部分可以精簡，提高效率和戰斗力
趙昺接著便由將軍隊中的非職能部門剝離，轉由兵部及其它相關部門管理說到了軍政、軍令分開。他自然清楚對上層的指揮系統進行改造，如果條件不具備時，或缺乏一定的法規制度基礎、政治基礎和軍隊管理水平達不到的情況下，盲目地走軍政軍令分開道路，會導致部隊建設的混亂、管理的混亂和指揮的混亂，反而不利于軍隊的管理和作戰。
但當下宋朝文人主政的制度恰與現代的國家體制暗合，如此趙昺就有機會實施貼近近現代軍隊的軍事改革，可是采取何種形式他還是頗費了番心思。而說到這個問題他還想到一個美國人，這個人可以說對塑造美軍的體系，提高其作戰效率做出了很大的貢獻，可少為人知的此人并非純牌軍人出身，確切的說是個商人。
此人就是原通用汽車公司老板麥克納馬拉，他擔任美國國防部長之后，把美國企業的先進管理模式和成本核算方式帶進了美軍，使軍隊面貌為之大變，節約了大量經費，同時也大大提高了效率。雖然美國人對此也有詬病，有人認為，被麥克納馬拉改造之后，美軍更像商業公司，不像軍隊，但是它確實大大推動了美軍的科學管理。