樞密使這一官銜在唐太宗時就設置了，但唐代的樞密使只負責管理軍事情報，機密情報之類，由宦官兼任，直至五代時還保留這個官銜。宋太祖為了消除軍閥割據的隱患，同時，樞密使的設立又可以削弱宰相的權力，也是強化皇權的重要措施。
所以，元豐改制后，樞密院照樣保存下來，但是北宋的樞密使與中書的關系都極不正常。時人曾言樞密使每朝奏事，與中書先后上，所言兩不相知，以故多成疑貳。樞密院官雖曰掌兵，亦未嘗不兼任宰相之事。宋神宗的御史滕達道也說，戰守安危之所政，中書主打，樞密使主守，這樣怎么能取勝呢明確指出這種互相牽制所造成的殆誤軍國大政的弊端。
到了南宋高宗接受了這一教訓，為了對付經常性的對外戰爭，不得不實行兵政合一，設立“平章軍國重事”這一官銜。在此后的一段時間內，這種兵政合一的措施確實起到了穩定戰局的作用，但是隨著御前護軍的壯大，軍將權力過大的弊端又重新顯現，甚至發生兵變將高宗趕下臺，因而又設法收取領兵軍將的權力，并以宰相兼任樞密使。
不過南遷之后戰事不斷，歷代皇帝只能設置督撫鎮守前線要地，因此也不得不通過放權、收權，甚至頻繁換將來控制軍隊。但依然未能阻止軍事集團的形成和擴張，以致形成尾大不掉之勢，他們在各自利益受損后，便不顧國家利益叛降，從而導致整個防線的崩潰，并助紂為虐成為滅宋的主力。
趙昺知道要想徹底解決問題只能通過制度，而不是人治。可也清楚自己只是歷史的搬運工，讓他做一個好工匠完全沒有問題，但是處理這種軍國大事還真不在行，且自己前世根本沒有這方面的經驗，要主持并進行這么大的機構調整還真沒有底兒。
不過趙昺也明白若是不能解決這個問題，自己的地位終歸不穩。而當前行朝尚處于混亂和初建時期，各派勢力相對于較弱，并且要依附自己才能生存，因此也是調整機構的最佳時期，一旦錯失這個窗口期將更加困難。所以他決定即便此次革新存在不合理的地方，也要堅決的搞下去，將基本原則定下來再逐漸完善。再說了在中國人民的智慧面前，制度什么時候都是有空兒可鉆的
在趙昺改革后的樞密院的主要職責類似于現代的參謀部，其主要職責用一個詞表達就是打仗。制定國家的最高軍事戰略；決定戰時人力和物力資源的分配使用；向皇帝和中書省軍事決策方案。作為“最重要的軍事顧問“，樞密院有包括制定軍事戰略、指導國防預算、作戰及聯合演習計劃等，分享兵部的部分職權，并可以直接向皇帝陳述自己的主張。
從職權方面來講樞密院失去了軍政方面的權力，但是從行事權力方面來說，其主官由武人擔任，避免了士人的擎肘。且樞密使可以向皇帝直接表述自己的意見，而不必向從前那樣局限于文人們的臆想之下，制定些摻了水的作戰計劃，受制于宰相的權威之下。
提高武人的地位趙昺不僅是從嘴上說說而已，在組織結構上將樞密使的品級定為從一品，要知道大宋朝最高軍事主官太尉才是二品官，這樣一來樞密使的地位雖然低于左、右相，但是也高于參知政事和一應尚書。為了體現這種地位，樞密院副職都是二品，下屬的一級部門主官都是部級待遇從二品，與兵部尚書同級。別的不說起碼薪俸高了一截，殿上排班時都要靠前站。
趙昺計劃在樞密院設置司令部、軍事情報部、軍需部及僉事判官廳、職方司、參議司和督撫司。