作為皇權的干城，侍衛親軍受樞密院直轄。其功能大致有以下幾項第一，作為常備軍，防守兩都及附近地區。第二，作為控御地方的中央武力，逢有反叛，出征討伐。第三，非軍事時期，屯田自給軍食，減輕國家負擔。第四，承任兩都營建、修繕等勞役。這不僅成為元廷加強民族間制衡的力量，而且為色目權臣在政治舞臺上崛起打下了基礎。
入元以后，怯薛權力大為削弱，但作為蒙古傳統的皇家衛士之角色依然存留，并受特殊優待。怯薛設長，分四班輪值，并負責宮城守衛和帝室警衛。與侍衛親軍不同，怯薛不隸于樞密院而直屬皇帝。不過怯薛也失去了蒙古國時代的大中軍功能，非皇帝親征，很少出征，其軍事作用在于與衛軍相互制衡。而怯薛與侍衛親軍構成的中央禁軍又是控制地方鎮戍諸軍的平衡力量。
與宋朝“強干弱枝”政策不同，在保持中央精兵的同時，基于治安和國防的需要，元朝在內地重鎮及邊遠要塞派駐了大量軍隊。忽必烈與謀臣斟定全國鎮戍規模，命宗王將兵鎮邊徼襟喉之地，而河洛、山東據天下腹心，則以蒙古、探馬赤軍列大府以屯之。淮、江以南，地盡南海，則名藩列郡又各以漢軍及新附等軍戍守，又根據區域、軍隊的分布，劃分若干鎮戍區。
所謂漢地，主要指原金朝轄境而言，即河北、山西、山東、河南、遼東、陜甘等地，還包括了四川。滅宋以后，元以宋境為新拓疆域，江南又系當時經濟中心，統軍大帥伯顏等人審地理之宜，據軍事布防需要，擬定留六十三處屯兵所，然后由此分兵，四出鎮守。
按元朝鎮戍兵力分布，江南因原宋都所在，又是經濟發達、人口稠密地區，故置重兵戍守，由宋朝降兵組成的新附軍大都駐扎在此。而華南兵力相對較弱，所以遇有反元勢力崛起，元廷往往抽調江南兵力支援，以致有時江南兵力為之削弱。
元朝軍政建置中鎮戍作用的突出是因為元朝在征服漢地、南宋以后，許多地方對異族統治并不認同，反抗活動不斷發生，加上元朝在以往所謂羈縻地區推行直接統治，引發當地部族首領激烈反抗；在江南地區過度聚斂則激化了當地的社會矛盾。上述情況的發生使元朝的統治處于不穩定狀態，因而軍事鎮戍對元朝統治者來說無疑是必要手段。而為加強對遼闊境土的有效控御，根據蒙古傳統的分封習俗，元朝還建立了宗王出鎮制度。
所謂宗王出鎮，即宗王受封某地，負責該地區鎮戍征伐，并代表朝廷監臨當地軍政。其實這種受封并非實封，是封藩不治藩，僅取“封建之余意”。他們的主要職責在于軍事鎮戍。所以從名義上講出鎮宗王為鎮戍區最高軍政長官，但地區行政并不歸其管領，行政由行省地方官員掌握。二者的分工在于，出鎮宗王重在統軍鎮戍，而地方行政及部分治安由元朝地方官僚系統控制，正是所謂“鎮之以親王，使重臣治其事”。由此形成戍地、宗派不同的出鎮體系。
江南元軍經過兩次征討瓊州，討伐安南、占城及遠征日本幾乎皆是由江南新附軍抽調，這些戰事使得新附軍兵力大損，尤其是征日本就有十五萬人殞命大海。而這也可以說是忽必烈有意為之，要知道探馬赤軍人的軍需裝備，主要由軍戶自備，不足部分由政府補給。漢軍士兵的冬、夏軍裝和武器，由政府發給，并按月發放口糧，服裝的不足部分、其他裝備和開支，由本軍戶和貼戶湊齊，定期送到軍中。
軍戶制的實行，可以保證國家有穩定的兵源，又可以維持一支龐大的軍隊而使政府負擔不致過重。而新附軍人的裝備，全由政府供給，口糧每月米六斗、鹽一斤，家屬每月每人支糧四斗，可以說供給全是由國家財政支付，龐大的數目對于哪個國家都是沉重的負擔，忽必烈便將他們當做了消耗品。多年后屯駐江南的新附軍數量大為減少。