隨著對外戰事的減少，忽必烈覺得江南業已穩定，便在至元二十二年，元廷將江淮、江西兩行省所轄兵力進行了整編，重新編成三十七個萬戶鎮戍各地，其中又區分為上中下三等，算下來屯駐江南的元軍總數也就減少到二十余萬，比之從前少了近半。
經過整編后負擔是減輕了，但是隨之而來的是地廣兵少的矛盾便凸顯出來，唯一解決的辦法就是將有限的兵力部署在重點地區，一般按照府治由萬戶府鎮戍，再分兵駐守所轄的州治，縣里一般就由新附軍和鄉兵組成的尉軍擔任維護治安，討賊緝盜的任務，而根據縣的等級不同，配置的尉軍也由二、三百到上千人不等。
不過蒙古人對新附軍十分不信任，不給他們配備兵器，尉軍們只能人手一根悶棍，以致在緝盜的時候不但無法抓住盜匪，反被其所傷。考慮到現實情況，經過慎重考慮蒙古人才給大縣的尉軍配發了十副弓箭，小縣只有五副弓箭，由此可見其戰斗力如何了。
所以尉軍嚇唬下鄉民百姓還湊合，打仗還得依靠鎮戍軍。這也使得占據偏遠地區的宋朝義軍得以發展、壯大，而開戰后也能迅速收復眾多縣城的原因。當下趙昺一聲令下，江南地區烽煙四起，江南元軍顧此失彼，自顧不暇，當然也就難以支援其它地方的戰事，只能看著其被宋軍逐個殲滅。
另一方面元軍各萬戶府歸于樞密院管轄，而樞密院使例由太子或宗王兼任，所以現在是真金兼任樞密使統管各地鎮戍軍。可忽必烈死了，他又還未能登上汗位，南必皇后又以太后的身份監國，由大汗直領的怯薛軍兵權也未能轉移到他的手中。
這種種原因使得真金手中的權力大受限制，能夠轄制諸位宗王的也就只剩下樞密使這個實職了，而他要想能成功登上汗位就必須抓兵權。但是各個宗王能否支持他尚很難說，當下宗王出鎮的地區，有嶺北、河西、土蕃、云南、江南等地。出鎮宗王中，以北邊宗王軍權在握，權力最大。江淮諸王統軍權略為遜色。河西、云南諸王則介于兩者之間。
漠北本是蒙古勃興的根本之地，和林更是昔日帝國首都所在，但在元朝將政治重心南移并定都于開平、燕京以后，漠北失去舊日的輝煌而被視為邊徼。然而，元朝皇帝作為名義上的蒙古大汗，必須統有草原地區，使漠北諸王聽命于自己，確保該地區政治上不向敵對勢力動搖。為此，元朝逐步地加強了漠北地區的軍政建置。
至元三年，忽必烈封第四子那木罕為北平王，出鎮漠北，統領諸王之軍，以防范海都等拒命的西道諸王。至元八年，趁海都與察合臺系后王爭奪河中地區時，那木罕受命率嶺北諸王軍隊進駐阿力麻里。元朝在不斷補充阿力麻里駐軍給養、軍器等物的同時，又派中書省右丞相安童以行中書省事、樞密院事之銜，前往阿力麻里，以輔佐那木罕，并加強對海都的進攻。
但是，這個出鎮體系在至元十三年冬被打破。是時諸王昔里吉等執那木罕、安童叛元，漠北陷入混亂。后經元朝發兵，勘定戰亂，但西部防線已向東撤，不過和林仍是漠北戍防重鎮，稱海等地則設宣慰司管理駐軍的屯田、戍防。至元二十一年，那木罕等人獲釋還朝，又被忽必烈改封為北安王，仍受命出鎮嶺北，其作為忽必烈的幼子也是汗位最有力的競爭者，而真金要想平安就位就必須得到其它宗王的支持