次日，趙昺又深入各軍視察，了解基層官兵的情況。說起來這幾個師并非自己的嫡系，而是當年行朝殿前禁軍改變而來，其中的成分也極為復雜，既有江家的子弟兵，也有張世杰的淮軍，及收編的各路義軍。經過整編后，張世杰一系的高級軍官基本皆被罷職，他又借整訓之機安插進不少自己人充任基層軍官，提拔了一批義軍出身的軍官。
此后趙昺利用培訓新軍的機會，將軍官做了交流，起用了一批本地軍官，從而削弱了江氏的影響力，徹底完成了整編，變為行朝武裝的基干力量。且在此次北征中從瓊州一路打到江陵，接下來他們將承擔長江中游及西部防御的主要力量，完成了當前的戰略布局。
接下來幾天，趙昺在江鉦及眾將的陪同下乘船沿江航行，勘察了荊州地形，重新選定要地設置軍寨，修筑炮臺，建立烽燧，進一步完善長江南岸的防御體系。并要求眾人一定要盡快完成新兵征募，并抓緊時間整訓，盡快成軍。而大家也要以秦林鋒為戒，切記不可觸犯國法軍紀，否則軍法無情，誰也救不了他。
正月十八日，文天祥遣人來報，陸相遣使來請陛下早日歸京，如今朝廷積案如山，都在等待陛下決斷。且閩廣一案已經結案，除統制以上十余個高級軍官需回京復審后，其余百余人罪行皆已查清，各人也皆認罪，待陛下御批后便可執行。
二十日，趙昺回到鄂州審閱后批準執行，并明發旨意任命謝枋得為江西安撫使、韓振為江西兵馬總管，以隆興為治所，懷恩軍和威勝軍編成三個獨立師六個獨立旅，分駐要地；六師移駐鄂州，以統制潘念為鎮撫使，虞侯謝福為知州；任命董義成為荊湖水師都統，負責江陵至江州段的水上防務，主力駐扎鄂州。
任命江鉦為湖廣制置使總管軍政，以靜州為治所；第七師屯駐江陵，以統制伍隆起為鎮撫使；第八師駐沅江路，以師長張霸為鎮撫使；第九師駐南寧路，以師長黃之杰為鎮撫使；第十師大部移駐欽州路，以師長張達為鎮撫使。令任命蔣科為瓊州制置使，統管軍政。待各師擴編完畢后，再行調整，各地方官員待朝廷勘定后，另行任命或確認。
趙昺仍希望許夫人坐鎮江西，但其歸意已決，便賞賜其田地五十頃準其歸鄉晉江，準其子襲建安侯。原懷恩軍都統宋濂則受命整編被俘的北軍，待改編后開赴江浙進一步接受整訓。在二十二日，威勝軍案被判處死刑的統制以下官員五十余人被押赴武昌門外公開槍決，其余罪不至死的人等編入苦役營服刑。
諸事已畢，趙昺不想再做耽擱，他準備次日便行，卻未能如意。選擇黃道吉日動身，避開不宜出行的日子，這是歷代相沿的習俗，宋代也是這樣。除了特定的日子，還有每個月的月祭即初一、十五不出門，因為這兩天應該在家里祭祖拜神，離開家是對祖宗和神靈的不恭敬，所以也不吉利。選擇出行吉日還有一些繁瑣的計算方法，他不相信，但也要照顧眾人的情緒，只能重新選定在兩日后起駕回京。
但這也不算完，接下來是要提前“祖道”，也就是祭路神，以保求平安。路神也稱行神，分為陸地上和水上兩個系列，陸地上的行神有梓潼君、五通神、紫姑神，水上行神有天妃等。這些神靈都是宋代新“封”的，趙昺過去出門多半是行軍打仗，一般也不會在意這些，但是由于經常乘船，要是出遠門水軍們也會舉行些簡單的儀式祭水神