當然，朝廷對土司也不是毫無約束，除了名義上的稱臣外，土司對天子還負有其他義務。土司要同海外屬國的朝貢一樣向皇帝進貢，這也可視為維持兩者君臣之盟的一種形式。另外逢改朝換代之際，土司要向新皇帝宣誓效忠，得到新王朝的承認和印信，才能延續政權的合法性。
不過元代的土司制仍然不能視為成功，趙昺記的在元末紅巾舉義后，土司趁機擴張勢力，歸附地方軍閥或者干脆自立門戶，參與到元朝末年的群雄逐鹿當中。然而卻也因此惹了禍，因為土司在這次改朝換代的過程中表現的太過活躍，以至于被最后的勝利者朱元璋視為了獨霸天下的威脅之一。
在中原王朝眼中，治理苗疆的最重要任務，就是將語言不通、不受官府或地方土司管轄的生苗，改造成通曉漢人語言、向官府或土司納稅服役的熟苗，使苗疆成為開化之地。為達到這一目的，明清兩代都煞費苦心。
明朝建立后便利用西南地區的土司來征剿生苗、鎮守苗疆。而為了防范牽制土司，又在各個土司轄地周邊，設立密集的衛所、軍屯，形成犬牙交錯、相互遏制的局面。但到了明末，西南各衛所衰敗廢弛，明朝不得不大量征召土司轄下的土兵，以填補衛所虛空。可想而知，靠征用土司土兵來維持苗疆穩定，只會使土司挾苗自重，尾大不掉。
到了后來為了專注于抵擋來自北方的威脅，明朝只得徹底放棄征服苗疆的打算，竟然想到用一道邊墻，干脆把墻外的生苗隔離在外。于是在遠在長江以南的湖南西部地區，修起了一道南起湖南、貴州邊界的亭子關，北至湘西州古丈縣境內的喜鵲營，途經鳳凰、吉首兩大湘西重鎮，全長三百八十余里，縱貫整個湘西地區的長城。可見明朝的統治者是多么無奈，實現統制又有多難。
到了清朝，位于湘黔邊界，包括黔東南和湘西在內的苗疆，成為西南地區最后一片不受官府管轄的生界。歷代皇帝也是操碎了心，采用佂撫并舉，兩手都要硬的措施展開了征服。
雍正時，苗疆大員張廣泗曾建議為學習漢文、參與科考的苗人學童特批生員名額，以示獎勵。乾隆時則有明文規定不許生苗參加考試，以示對熟苗的優待。而應試的熟苗，須注明新民籍，既與漢人考生區別，又方便錄取時的照顧。
同時，清廷還松弛前代在苗疆地區的禁令，允許生苗在官府登記、領取證件執照的前提下，與漢人、熟苗之間進行適當的貿易乃至通婚。不僅如此，只要不涉及造反，還允許苗疆苗人案件以苗例自行解決，哪怕是命盜等刑事案件，也不妨稍予寬容。
在明時政府為了加強對土司轄區行政干預，不斷以土司無后嗣或觸犯國法為理由，廢除當地的土司官員，改派來自中央的非世襲官員流官繼任，這一加強中央集權的做法發展到清朝，為了解決土司割據的威脅，終于演變成了大規模的改土歸流。
在鄂爾泰的主持下，清政府首先在云貴地區展開了大規模的改土歸流，以“計擒為上，兵剿為下”為策略，在爭取土司自愿交出領地的同時，對土司中敢于頑固抗拒者，以武力消滅。而對主動配合改流的土司，朝廷多授予現任武職或其他世襲官職以示優待。對原來土司的領地，除重新設置府縣外，還增設軍事機構，清查戶口，丈量土地以便于管理。