改土歸流讓盛行于元、明、清三朝的土司制度土崩瓦解，但部分流官到任后，因不善治理，驟然加稅，貪贓枉法等原因，反而激化了同當地民眾的矛盾。讓多地土司揭竿而起，康、雍、乾三代，苗疆都未能擺脫三十年一小反，六十年一大反的所謂苗患。
尤其是乾隆末年的苗民起義，清廷更是動用兩湖、兩廣、云貴川七省十八萬官兵，延續十余年才將其平息。而福康安、和琳二位乾隆朝重臣，都在征剿苗疆的軍中病歿。進入嘉慶朝后，修筑長城將苗疆隔離，并嚴禁苗漢混雜，也成為清朝對苗疆不得已為之的最后辦法。
清朝將長城兩側的漢民苗民編入各自的軍屯，納入國家統一管理，使之成為寓兵于農，為國家屯田的佃戶。漢地和苗疆之間的交易，也在少數邊卡的嚴密監視下進行。而邊卡的任何進出，都必須辦理護照，否則按偷越邊境論處。
在密不透風的管控下，將苗疆變為由屯田兵丁進行生產建設的屯墾邊區之后，同時清政府也不得不廢除新區賦稅，尊重當地民俗來維持改革成果，才使得湘西地區逐漸恢復了穩定。然而，在從清末到民國的混亂時期，屯政也迅速解體，失去田地的兵丁四處流竄，將湘西變為兵匪橫行的地域
所以在趙昺的理解下羈縻制度的實質，其實就是在少數民族形式上臣服于中原王朝的前提下，基本保持其原有的社會組織結構和管理機制，任用當地少數民族頭領或德高望重者為地方官吏，除定期向中央朝貢外，一切地方事務均由他們自己管理。這種策略在一定時期為維護統治和地區和平是有著好處的，但是當王朝國力衰退，控制力下降，卻又會成為心腹之患。
對于這點趙昺是深有體會的，瓊州也算是大宋朝的國土，且設立了州縣等官方機構，可實際上根本無法對瓊州實現有效的統治，反而時時會受到俚族的侵擾，只是依靠著這些名義歸附而事實獨立的地方政權，僅僅在形式上維持著對羈縻地區的統治。但是實際上對羈縻統治下各部族、地域的具體情形，往往一無所知。也正是如此，位于山區深處、連羈縻勢力也少有涉足