且這些屯田的軍戶還承擔著輜重和制造武器的任務，對他們實施打擊等同于削弱了他們的后勤保障能力。再有自己在前方作戰，可家卻讓人家給抄了，房子讓人家給點了，老婆孩子讓人殺了，心里能不著急上火嗎因此對敵軍的士氣也是沉重的打擊。
在將敵軍外圍據點拔除后，趙昺隨即下轉入第二階段的作戰。這時各部向敵境縱深滲透，摸清敵軍調動和物資囤積情況，以確定敵作戰方向和目標。在這個階段，趙昺授權當面的軍事主管機宜之權，在發現有價值的目標后可以不經請示批準，可以自行決定發起攻擊，跨轄區的可協調友軍協同作戰，一切以打擊敵軍，擾亂其作戰計劃為目的。
趙昺同時強調，友軍因作戰而進入己方轄區，要盡全力予以配合及協助，有傷病積極以與治療，物資需要補充不得推脫，需要配合作戰要積極協調，發現遇險要及時派兵救援。對因為爭功，而出現見死不救，或動作遲緩、態度消極、冷漠者嚴懲不殆。
通過這兩個階段的作戰，各部都取得了不錯的戰績。總計拔除了敵軍大小據點一百多個，殲敵三千余；破壞灌溉溝渠合計二百余里，水閘、水壩一百余座。摧毀百戶以上屯田點三十余，燒毀糧食十數萬石，房屋上千間，打死打傷百戶以下敵軍數百人，殺死耕牛二百余頭。
另外襲擊了幾個敵方物資囤積地，戰果頗豐。說來敵軍也是大意了，他們以為隔著長江宋軍難以不知不覺的通過，且也是為了輸送方便，將物資中轉點設置在江河邊的碼頭上。宋軍突擊隊采用小型戰船搭載火箭發射器的方式，通過支流，河汊滲透進去，進行遠距離轟擊，得手后迅速撤離，取得了不俗的戰績。
當然對于敵重要目標，各部也不惜出動大軍進行強攻。雷池一戰，江州動員了一個師的步軍，與長江水軍協同作戰，在突擊隊的引導下強行突破江岸敵軍的攔阻進入雷池，將藏于湖灣的船只和打造的木筏摧毀大半，雙方激戰竟日，然后在炮火的掩護下從容撤回南岸。
趙昺翻看著各處傳來的戰報，總體上達到了自己的目的。雖然此次己方也有損失，但是戰斗發生在敵占區，對江南影響甚微。通過一系列的過江突襲、偵察作戰，不僅擾亂了敵軍的視線，給其造成了一定的物資損失，使其難以判斷宋軍的目的，更重要的是使趙昺得以從中判讀出敵軍此次的作戰計劃。這讓他吃驚不小，敵軍若真是在上、中、下游同時展開渡江，還真是讓他有些措手不及，也出乎他的意料。
首先趙昺沒有想到敵軍會有膽量在水軍處于劣勢的情況下，進行全線出擊，同時發起渡江作戰；再者此次作戰地域廣闊，使得己方各軍難以相互為援，只能各自為戰；再者三路敵軍相互為犄角，只要有一處突破，便能向東、向西迂回，使得整條防線動搖。好在現在判明了情況，可以有針對性的及早采取措施，彌補漏洞。
而讓趙昺感到欣慰的是這次新作戰形式的嘗試，讓他有了更多的手段。此次作戰多采用小部隊通過滲透、突襲行動，有針對性的對特定目標進行打擊，有點類似于現代戰爭中的特種作戰。但是他卻以為也只是類似，因為在這個時代，特種作戰的基礎不存在，且在部隊的編成上也沒有此單位。若是說有，也只有事務局的行動隊勉強可以算的上。
在前世網上有很多關于中國古代特種部隊的說法，甚至還總結了中國古代六大特種部隊，十二大特種部隊等等排名。但是趙昺來到這個時代后，才發現事實和網絡盛傳的“十大名刀”一樣，大多不靠譜。比如所謂的秦國鐵鷹衛士，唐代陌刀營，燕云十八騎，臆造成分太大，與歷史記載相去甚遠。還有北府兵、魏武卒等等，雖然的確是精銳，但都執行常規軍事任務，不能算特種部隊。
且古代和近代兵種單一，各個兵種單兵之間戰斗力基本一樣，進行的往往都是大規模的正面作戰，特種部隊往往是小規模，沒有施展的空間。刺殺敵軍軍將也非易事，想想萬余軍隊結成的營寨就有十數里方圓，想從其中找出主將的居所豈是易事。而主將往往居于中心，層層的崗哨如何躲過去，其身邊的警衛也不是死人，往往還精銳部隊，怎會任你如入無人之境的將主將宰了。