看著地圖，趙昺輕嘆口氣，此次征西不僅路途遙遠、艱辛，且要沖破敵軍的層層阻攔。據他所知四川行省在元代十個行省之中屬于軍事色彩比較濃重的，境內駐戊軍包括蒙古軍、探馬赤軍、漢軍及新軍，且數目龐大，人數保持著四萬五千人左右，最多時達到七萬五千人。
不過忽必烈在征服江南后，于至元二十年開始精簡新軍，調整駐軍。這股風同樣波及到四川，合并西川東、西、北三道宣慰司及銅川等路鎮守萬戶府、新軍總管府、威州、灌州、茂州等處安撫司十四處。四川地區軍事權力逐漸集中，機構逐步精簡，行政、軍政中心開始向成都轉移。
趙昺的戰略重點一直是在江北，但是川蜀居于長江上游，也被他視為扎在自己身后的一把尖刀，因此并未放松對川蜀形勢的監視，令事務局設立了川蜀情報站對這一地區進行調查，并收集軍政情報。從傳回的情報所知，四川地區鎮戍點主要有
成都成都是蒙元軍隊較早占領的地區。窩闊臺汗時期，王子闊端進入成都并占領四川西部地區。在掠奪大批物資之后，蒙古軍隊又將成都廢棄。蒙哥汗時期，由劉黑馬和夾谷龍古率軍重新占領廢棄的成都城。蒙哥大汗很重視成都的防衛，遣大將密力火者握重兵于此。
忽必烈奪取汗位時，視其為心腹大患，“使乘驛矯詔誅之”。但奪取汗位后，元世祖又任命殺密力火者立功的黑馬之子元振為成都經略使總管萬戶，派重兵駐守。中統四年，敕李平陽在西川的“各翼軍在青居山者悉還成都。”
在忽必烈發動全面滅宋戰爭之前，成都是宋元雙方爭奪的重要城池。中統年問，宋軍一度攻人成都，因四川行院阿脫與張萬家奴合力防衛才得以保全。至元十年，宋將咎萬壽攻打成都。當時成都戍軍隨大將也速帶兒正攻打建都，一時防衛空虛。元廷不得不于“京兆等路簽新軍為援”。滅宋后元廷依舊重視成都的防衛，至元二十三年，分四川鎮戍軍萬人于成都屯田。成都戍軍除完成成都防衛任務外，還多次參與平定西南動亂。
重慶至元十四年，西川行院不花率軍圍攻重慶，宋重慶都統趙安降。宋守臣張玨順江東下逃至涪州后亦降。元廷也很重視重慶防衛，先后設宣慰司、行院、行省等。至元年間，皇孫鐵木兒不花一度駐兵重慶。至元二十四年，懷遠大將軍、夔路萬戶石抹狗狗戍軍重慶。
在宋廷收復江南后，重慶再次被元軍重視起來，這里進沿江而下威脅江南，退可阻擋宋軍溯江而上攻掠川蜀，威脅云南和陜甘地區。于是遷四川行省到重慶，只在成都設立宣慰司，將統治中心由成都轉移到重慶，并逐漸趨于穩定。此外在重慶周邊的夔州路、瀘州、嘉定等路設立宣慰司駐軍防守，同時屯田以供軍用。
在云南發生動亂，久難平息，真金從四川行省調重慶五路萬戶去救云南，不了軍馬剛到云南境內，便遭到各蠻部伏擊，損失兵力萬余人。于是元廷覺得重慶仍有可調軍馬，于今年又于重慶、敘州調軍二千五百人前去平叛，同時于四川鄰境諸王藩部發丁壯二千人戍守重慶。